pkgs/by-name/di/diamond/package.nix

   1 { lib, stdenv, fetchFromGitHub, cmake, zlib }:
   2
   3 stdenv.mkDerivation rec {
   4   pname = "diamond";
   5   version = "2.1.10";
   6
   7   src = fetchFromGitHub {
   8     owner = "bbuchfink";
   9     repo = "diamond";
  10     rev = "v${version}";
  11     sha256 = "sha256-rNwoHb2jbQwL1bnP5KsI/SsHNN9EeXzsGnMpFhXrc1o=";
  12   };
  13
  14
  15   nativeBuildInputs = [ cmake ];
  16   buildInputs = [ zlib ];
  17
  18   meta = with lib; {
  19     description = "Accelerated BLAST compatible local sequence aligner";
  20     mainProgram = "diamond";
  21     longDescription = ''
  22       DIAMOND is a sequence aligner for protein and translated DNA searches, designed for high performance analysis of big sequence data. The key features are:
  23       - Pairwise alignment of proteins and translated DNA at 100x-10,000x speed of BLAST.
  24       - Frameshift alignments for long read analysis.
  25       - Low resource requirements and suitable for running on standard desktops or laptops.
  26       - Various output formats, including BLAST pairwise, tabular and XML, as well as taxonomic classification.
  27
  28       When using the tool in published research, please cite:
  29       - Buchfink B, Reuter K, Drost HG, "Sensitive protein alignments at tree-of-life scale using DIAMOND", Nature Methods 18, 366–368 (2021). doi:10.1038/s41592-021-01101-x
  30     '';
  31     homepage = "https://github.com/bbuchfink/diamond";
  32     license = lib.licenses.gpl3Plus;
  33     maintainers = with lib.maintainers; [ thyol ];
  34   };
  35 }