pkgs/development/python-modules/biopython/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchPypi,
   5   pythonOlder,
   6   setuptools,
   7   numpy,
   8 }:
   9
  10 buildPythonPackage rec {
  11   pname = "biopython";
  12   version = "1.83";
  13   pyproject = true;
  14
  15   disabled = pythonOlder "3.9";
  16
  17   src = fetchPypi {
  18     inherit pname version;
  19     hash = "sha256-eOa/t43mMDQDev01/nfLbgqeW2Jwa+z3in2SKxbtg/c=";
  20   };
  21
  22   patches = [
  23     # cherry-picked from https://github.com/biopython/biopython/commit/3f9bda7ef44f533dadbaa0de29ac21929bc0b2f1
  24     # fixes SeqXMLIO parser to process all data. remove on next update
  25     ./close_parser_on_time.patch
  26   ];
  27
  28   build-system = [ setuptools ];
  29
  30   dependencies = [ numpy ];
  31
  32   pythonImportsCheck = [ "Bio" ];
  33
  34   checkPhase = ''
  35     runHook preCheck
  36
  37     export HOME=$(mktemp -d)
  38     cd Tests
  39     python run_tests.py --offline
  40
  41     runHook postCheck
  42   '';
  43
  44   meta = {
  45     description = "Python library for bioinformatics";
  46     longDescription = ''
  47       Biopython is a set of freely available tools for biological computation
  48       written in Python by an international team of developers. It is a
  49       distributed collaborative effort to develop Python libraries and
  50       applications which address the needs of current and future work in
  51       bioinformatics.
  52     '';
  53     homepage = "https://biopython.org/wiki/Documentation";
  54     maintainers = with lib.maintainers; [ luispedro ];
  55     license = lib.licenses.bsd3;
  56   };
  57 }