pkgs/development/python-modules/persim/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchPypi,
   5   deprecated,
   6   hopcroftkarp,
   7   joblib,
   8   matplotlib,
   9   numpy,
  10   scikit-learn,
  11   scipy,
  12   pytestCheckHook,
  13   pythonAtLeast,
  14   pythonOlder,
  15 }:
  16
  17 buildPythonPackage rec {
  18   pname = "persim";
  19   version = "0.3.7";
  20   format = "setuptools";
  21
  22   disabled = pythonOlder "3.7";
  23
  24   src = fetchPypi {
  25     inherit pname version;
  26     hash = "sha256-dvcpj7ekbNvsc2+FSXfx4Xlt3y1pdO2n2FnKKEf032Q=";
  27   };
  28
  29   propagatedBuildInputs = [
  30     deprecated
  31     hopcroftkarp
  32     joblib
  33     matplotlib
  34     numpy
  35     scikit-learn
  36     scipy
  37   ];
  38
  39   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  40
  41   preCheck = ''
  42     # specifically needed for darwin
  43     export HOME=$(mktemp -d)
  44     mkdir -p $HOME/.matplotlib
  45     echo "backend: ps" > $HOME/.matplotlib/matplotlibrc
  46   '';
  47
  48   pythonImportsCheck = [ "persim" ];
  49
  50   disabledTests = lib.optionals (pythonAtLeast "3.10") [
  51     # AttributeError: module 'collections' has no attribute 'Iterable'
  52     "test_empyt_diagram_list"
  53     "test_empty_diagram_list"
  54     "test_fit_diagram"
  55     "test_integer_diagrams"
  56     "test_lists_of_lists"
  57     "test_mixed_pairs"
  58     "test_multiple_diagrams"
  59     "test_n_pixels"
  60     # https://github.com/scikit-tda/persim/issues/67
  61     "test_persistenceimager"
  62     # ValueError: setting an array element with a sequence
  63     "test_exact_critical_pairs"
  64   ];
  65
  66   meta = with lib; {
  67     description = "Distances and representations of persistence diagrams";
  68     homepage = "https://persim.scikit-tda.org";
  69     changelog = "https://github.com/scikit-tda/persim/releases/tag/v${version}";
  70     license = licenses.mit;
  71     maintainers = [ ];
  72   };
  73 }