pkgs/development/python-modules/scikit-bio/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5
   6   setuptools,
   7   cython,
   8   oldest-supported-numpy,
   9
  10   requests,
  11   decorator,
  12   natsort,
  13   numpy,
  14   pandas,
  15   scipy,
  16   h5py,
  17   biom-format,
  18   statsmodels,
  19   patsy,
  20
  21   python,
  22   pytestCheckHook,
  23 }:
  24
  25 buildPythonPackage rec {
  26   pname = "scikit-bio";
  27   version = "0.6.2";
  28   pyproject = true;
  29
  30   src = fetchFromGitHub {
  31     owner = "scikit-bio";
  32     repo = "scikit-bio";
  33     rev = "refs/tags/${version}";
  34     hash = "sha256-1L3AemXVqfgBDlRZorG7+8qt3f1Bm8L+Se+OwqEWwI4=";
  35   };
  36
  37   build-system = [
  38     setuptools
  39     cython
  40     oldest-supported-numpy
  41   ];
  42
  43   dependencies = [
  44     requests
  45     decorator
  46     natsort
  47     numpy
  48     pandas
  49     scipy
  50     h5py
  51     biom-format
  52     statsmodels
  53     patsy
  54   ];
  55
  56   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  57
  58   # only the $out dir contains the built cython extensions, so we run the tests inside there
  59   pytestFlagsArray = [ "${placeholder "out"}/${python.sitePackages}/skbio" ];
  60
  61   disabledTestPaths = [
  62     # don't know why, but this segfaults
  63     "${placeholder "out"}/${python.sitePackages}/skbio/metadata/tests/test_intersection.py"
  64   ];
  65
  66   pythonImportsCheck = [ "skbio" ];
  67
  68   meta = {
  69     homepage = "http://scikit-bio.org/";
  70     description = "Data structures, algorithms and educational resources for bioinformatics";
  71     license = lib.licenses.bsd3;
  72     maintainers = with lib.maintainers; [ tomasajt ];
  73   };
  74 }