pkgs/by-name/an/angsd/package.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , fetchFromGitHub
   4 , fetchpatch
   5 , htslib
   6 , zlib
   7 , bzip2
   8 , xz
   9 , curl
  10 , openssl
  11 }:
  12
  13 stdenv.mkDerivation rec {
  14   pname = "angsd";
  15   version = "0.940";
  16
  17   src = fetchFromGitHub {
  18     owner = "ANGSD";
  19     repo = "angsd";
  20     sha256 = "sha256-Ppxgy54pAnqJUzNX5c12NHjKTQyEEcPSpCEEVOyZ/LA=";
  21     rev = version;
  22   };
  23
  24   patches = [
  25     # Pull pending inclusion upstream patch for parallel buil fixes:
  26     #   https://github.com/ANGSD/angsd/pull/590
  27     (fetchpatch {
  28       name = "parallel-make.patch";
  29       url = "https://github.com/ANGSD/angsd/commit/89fd1d898078016df390e07e25b8a3eeadcedf43.patch";
  30       hash = "sha256-KQgUfr3v8xc+opAm4qcSV2eaupztv4gzJJHyzJBCxqA=";
  31     })
  32   ];
  33
  34   buildInputs = [ htslib zlib bzip2 xz curl openssl ];
  35
  36   enableParallelBuilding = true;
  37
  38   makeFlags = [ "HTSSRC=systemwide" "prefix=$(out)" ];
  39
  40   meta = with lib; {
  41     description = "Program for analysing NGS data";
  42     homepage = "http://www.popgen.dk/angsd";
  43     maintainers = [ maintainers.bzizou ];
  44     license = licenses.gpl2;
  45   };
  46 }
  47