pkgs/development/python-modules/HTSeq/default.nix

   1 { lib, buildPythonPackage, fetchFromGitHub, cython, numpy, pysam, matplotlib, python, isPy27, isPy3k }:
   2 buildPythonPackage rec {
   3   version = "0.12.4";
   4   pname = "HTSeq";
   5
   6   src = fetchFromGitHub {
   7     owner = "htseq";
   8     repo = "htseq";
   9     rev = "release_${version}";
  10     sha256 = "0y7vh249sljqjnv81060w4xkdx6f1y5zdqkh38yk926x6v9riijm";
  11   };
  12
  13   nativeBuildInputs = [ cython ];
  14   propagatedBuildInputs = [ numpy pysam matplotlib ];
  15
  16   checkPhase = lib.optionalString isPy27 ''
  17     ${python.interpreter} python2/test/test_general.py
  18   '' + lib.optionalString isPy3k ''
  19     ${python.interpreter} python3/test/test_general.py
  20   '';
  21
  22   meta = with lib; {
  23     homepage = "https://htseq.readthedocs.io/";
  24     description = "A framework to work with high-throughput sequencing data";
  25     maintainers = with maintainers; [ unode ];
  26     platforms = platforms.unix;
  27   };
  28 }