pkgs/development/python-modules/heudiconv/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , isPy27
   5 , pytest
   6 , mock
   7 , dcm2niix
   8 , nibabel
   9 , pydicom
  10 , nipype
  11 , dcmstack
  12 , etelemetry
  13 , filelock
  14 }:
  15
  16 buildPythonPackage rec {
  17   version = "0.8.0";
  18   pname = "heudiconv";
  19
  20   disabled = isPy27;
  21
  22   src = fetchPypi {
  23     inherit pname version;
  24     #sha256 = "0gzqqa4pzhywdbvks2qjniwhr89sgipl5k7h9hcjs7cagmy9gb05";
  25     sha256 = "1r6y93125mc84c09970ifps5xysp8ffp62rwlzili3q2k1m3fh4v";
  26   };
  27
  28   postPatch = ''
  29     # doesn't exist as a separate package with Python 3:
  30     substituteInPlace heudiconv/info.py --replace "'pathlib'," ""
  31   '';
  32
  33   propagatedBuildInputs = [
  34     dcm2niix nibabel pydicom nipype dcmstack etelemetry filelock
  35   ];
  36
  37   checkInputs = [ dcm2niix pytest mock ];
  38
  39   # test_monitor and test_dlad require 'inotify' and 'datalad' respectively,
  40   # and these aren't in Nixpkgs
  41   checkPhase = "pytest -k 'not test_dlad and not test_monitor' heudiconv/tests";
  42
  43   meta = with lib; {
  44     homepage = "https://heudiconv.readthedocs.io";
  45     description = "Flexible DICOM converter for organizing imaging data";
  46     license = licenses.asl20;
  47     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  48   };
  49 }