pkgs/development/python-modules/pymc3/default.nix

   1 { lib
   2 , fetchPypi
   3 , buildPythonPackage
   4 , pythonOlder
   5 , Theano
   6 , pandas
   7 , patsy
   8 , joblib
   9 , tqdm
  10 , six
  11 , h5py
  12 , arviz
  13 , packaging
  14 , pytest
  15 , nose
  16 , parameterized
  17 , fastprogress
  18 , typing-extensions
  19 }:
  20
  21 buildPythonPackage rec {
  22   pname = "pymc3";
  23   version = "3.9.3";
  24   disabled = pythonOlder "3.5";
  25
  26   src = fetchPypi {
  27     inherit pname version;
  28     sha256 = "abe046f5a5d0e5baee80b7c4bc0a4c218f61b517b62d77be4f89cf4784c27d78";
  29   };
  30
  31   # No need for coverage stats in Nix builds
  32   postPatch = ''
  33     substituteInPlace setup.py --replace ", 'pytest-cov'" ""
  34   '';
  35
  36   propagatedBuildInputs = [
  37     Theano
  38     pandas
  39     patsy
  40     joblib
  41     tqdm
  42     six
  43     h5py
  44     arviz
  45     packaging
  46     fastprogress
  47     typing-extensions
  48   ];
  49
  50   checkInputs = [
  51     pytest
  52     nose
  53     parameterized
  54   ];
  55
  56   # The test suite is computationally intensive and test failures are not
  57   # indicative for package usability hence tests are disabled by default.
  58   doCheck = false;
  59   pythonImportsCheck = [ "pymc3" ];
  60
  61   # For some reason tests are run as a part of the *install* phase if enabled.
  62   # Theano writes compiled code to ~/.theano hence we set $HOME.
  63   preInstall = "export HOME=$(mktemp -d)";
  64   postInstall = "rm -rf $HOME";
  65
  66   meta = {
  67     description = "Bayesian estimation, particularly using Markov chain Monte Carlo (MCMC)";
  68     homepage = "https://github.com/pymc-devs/pymc3";
  69     license = lib.licenses.asl20;
  70     maintainers = with lib.maintainers; [ ilya-kolpakov ];
  71   };
  72 }