pkgs/development/python-modules/rpy2/2.nix

   1 { lib
   2 , python
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchPypi
   5 , isPyPy
   6 , isPy27
   7 , readline
   8 , R
   9 , rWrapper
  10 , rPackages
  11 , pcre
  12 , xz
  13 , bzip2
  14 , zlib
  15 , icu
  16 , singledispatch
  17 , six
  18 , jinja2
  19 , pytz
  20 , numpy
  21 , pytest
  22 , mock
  23 , extraRPackages ? []
  24 }:
  25
  26 buildPythonPackage rec {
  27     version = "2.8.6"; # python2 support dropped in 2.9.x
  28     pname = "rpy2";
  29     disabled = isPyPy;
  30     src = fetchPypi {
  31       inherit version pname;
  32       sha256 = "162zki5c1apgv6qbafi7n66y4hgpgp43xag7q75qb6kv99ri6k80";
  33     };
  34     buildInputs = [
  35       readline
  36       R
  37       pcre
  38       xz
  39       bzip2
  40       zlib
  41       icu
  42     ] ++ (with rPackages; [
  43       # packages expected by the test framework
  44       ggplot2
  45       dplyr
  46       RSQLite
  47       broom
  48       DBI
  49       dbplyr
  50       hexbin
  51       lme4
  52       tidyr
  53
  54       # is in upstream's `requires` although it shouldn't be -- this is easier than patching it away
  55       pytest
  56     ]) ++ extraRPackages ++ rWrapper.recommendedPackages;
  57
  58     nativeBuildInputs = [
  59       R # needed at setup time to detect R_HOME (alternatively set R_HOME explicitly)
  60     ];
  61
  62     patches = [
  63       # R_LIBS_SITE is used by the nix r package to point to the installed R libraries.
  64       # This patch sets R_LIBS_SITE when rpy2 is imported.
  65       ./r-libs-site.patch
  66     ];
  67     postPatch = ''
  68       substituteInPlace ${ if isPy27 then "rpy/rinterface/__init__.py" else "rpy2/rinterface_lib/embedded.py" } --replace '@NIX_R_LIBS_SITE@' "$R_LIBS_SITE"
  69     '';
  70
  71     doPatchelf = false; # fails because of "missing filename"
  72     patchelfPhase = "";
  73
  74     propagatedBuildInputs = [
  75       singledispatch
  76       six
  77       jinja2
  78       pytz
  79       numpy
  80     ];
  81
  82     checkInputs = [
  83       pytest
  84       mock
  85     ];
  86     # One remaining test failure caused by different unicode encoding.
  87     # https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/488
  88     doCheck = false;
  89     checkPhase = ''
  90       ${python.interpreter} -m 'rpy2'
  91     '';
  92
  93     # For some reason libreadline.so is not found. Curiously `ldd _rinterface.so | grep readline` shows two readline entries:
  94     # libreadline.so.6 => not found
  95     # libreadline.so.6 => /nix/store/z2zhmrg6jcrn5iq2779mav0nnq4vm2q6-readline-6.3p08/lib/libreadline.so.6 (0x00007f333ac43000)
  96     # There must be a better way to fix this, but I don't know it.
  97     postFixup = ''
  98       patchelf --add-needed ${readline}/lib/libreadline.so "$out/${python.sitePackages}/rpy2/rinterface/"_rinterface*.so
  99     '';
 100
 101     meta = {
 102       homepage = "http://rpy.sourceforge.net/rpy2";
 103       description = "Python interface to R";
 104       license = lib.licenses.gpl2Plus;
 105       platforms = lib.platforms.unix;
 106       maintainers = with lib.maintainers; [ joelmo ];
 107     };
 108   }