pkgs/development/python-modules/scikit-bio/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , cython
   5 , lockfile
   6 , cachecontrol
   7 , decorator
   8 , ipython
   9 , matplotlib
  10 , natsort
  11 , numpy
  12 , pandas
  13 , scipy
  14 , hdmedians
  15 , scikitlearn
  16 , coverage
  17 , python
  18 , isPy3k
  19 }:
  20
  21 buildPythonPackage rec {
  22   version = "0.5.6";
  23   pname = "scikit-bio";
  24   disabled = !isPy3k;
  25
  26   src = fetchPypi {
  27     inherit pname version;
  28     sha256 = "48b73ec53ce0ff2c2e3e05f3cfcf93527c1525a8d3e9dd4ae317b4219c37f0ea";
  29   };
  30
  31   buildInputs = [ cython ];
  32   checkInputs = [ coverage ];
  33   propagatedBuildInputs = [ lockfile cachecontrol decorator ipython matplotlib natsort numpy pandas scipy hdmedians scikitlearn ];
  34
  35   # cython package not included for tests
  36   doCheck = false;
  37
  38   checkPhase = ''
  39     ${python.interpreter} -m skbio.test
  40   '';
  41
  42   pythonImportsCheck = [ "skbio" ];
  43
  44   meta = with lib; {
  45     homepage = "http://scikit-bio.org/";
  46     description = "Data structures, algorithms and educational resources for bioinformatics";
  47     license = licenses.bsd3;
  48     maintainers = [ maintainers.costrouc ];
  49   };
  50 }