pkgs/by-name/sr/sratoolkit/package.nix

   1 {
   2   stdenv,
   3   lib,
   4   fetchFromGitHub,
   5   cmake,
   6   python3,
   7   bison,
   8   flex,
   9   libxml2,
  10   openjdk,
  11   ncbi-vdb,
  12   mbedtls,
  13 }:
  14
  15 stdenv.mkDerivation (finalAttrs: {
  16   pname = "sratoolkit";
  17
  18   # NOTE: When updating make sure to update ncbi-vdb as well for versions to match
  19   version = "3.1.1";
  20
  21   src = fetchFromGitHub {
  22     owner = "ncbi";
  23     repo = "sra-tools";
  24     rev = "refs/tags/${finalAttrs.version}";
  25     hash = "sha256-WVPiAz3EFYuhBnl7BsEjJ2BTi1wAownEunVM4sdLaj8=";
  26   };
  27
  28   cmakeFlags = [
  29     "-DVDB_INCDIR=${ncbi-vdb}/include"
  30     "-DVDB_LIBDIR=${ncbi-vdb}/lib"
  31   ];
  32
  33   buildInputs = [
  34     ncbi-vdb
  35     libxml2
  36     mbedtls
  37   ];
  38
  39   nativeBuildInputs = [
  40     cmake
  41     python3
  42     bison
  43     flex
  44     openjdk
  45   ];
  46
  47   meta = {
  48     homepage = "https://github.com/ncbi/sra-tools";
  49     description = "Collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives";
  50     license = lib.licenses.ncbiPd;
  51     maintainers = with lib.maintainers; [
  52       thyol
  53       t4ccer
  54     ];
  55     platforms = lib.platforms.unix;
  56   };
  57 })