pkgs/by-name/te/tebreak/package.nix

   1 { lib, fetchFromGitHub, last, exonerate, minia, python3, bwa
   2 , samtools }:
   3
   4 python3.pkgs.buildPythonApplication rec {
   5   pname = "tebreak";
   6   version = "1.1";
   7
   8   src = fetchFromGitHub {
   9     owner = "adamewing";
  10     repo = "tebreak";
  11     rev = version;
  12     sha256 = "13mgh775d8hkl340923lfwwm4r5ps70girn8d6wgfxzwzxylz8iz";
  13   };
  14
  15   nativeBuildInputs = [ python3.pkgs.cython ];
  16   propagatedBuildInputs = with python3.pkgs; [
  17     pysam
  18     scipy
  19     bx-python
  20     scikit-bio
  21   ];
  22
  23   preConfigure = ''
  24     # patch the paths to all required software
  25     for f in $(find . -type f) ; do
  26       sed -i "s|'bwa'|'${bwa}/bin/bwa'|" $f
  27       sed -i "s|'minia'|'${minia}/bin/minia'|" $f
  28       sed -i "s|'exonerate'|'${exonerate}/bin/exonerate'|" $f
  29       sed -i "s|'samtools'|'${samtools}/bin/samtools'|" $f
  30       sed -i "s|'lastal'|'${last}/bin/lastal'|" $f
  31       sed -i "s|'lastdb'|'${last}/bin/lastdb'|" $f
  32     done
  33   '';
  34
  35   checkPhase = ''
  36     $out/bin/tebreak -b test/data/example.ins.bam  -r test/data/Homo_sapiens_chr4_50000000-60000000_assembly19.fasta -p 4 --pickle test/example.pickle --detail_out test/example.tebreak.detail.out -i lib/teref.human.fa
  37     pushd test
  38     ${python3.interpreter} checktest.py
  39   '';
  40
  41   meta = with lib; {
  42     description = "Find and characterise transposable element insertions";
  43     mainProgram = "tebreak";
  44     homepage = "https://github.com/adamewing/tebreak";
  45     license = licenses.mit;
  46     maintainers = with maintainers; [ jbedo ];
  47     platforms = platforms.x86_64;
  48   };
  49 }