pkgs/development/ocaml-modules/phylogenetics/default.nix

   1 { lib
   2 , buildDunePackage
   3 , fetchurl
   4 , bppsuite
   5 , alcotest
   6 , angstrom-unix
   7 , biotk
   8 , core
   9 , gsl
  10 , lacaml
  11 , menhir
  12 , menhirLib
  13 , printbox-text
  14 }:
  15
  16 buildDunePackage rec {
  17   pname = "phylogenetics";
  18   version = "0.3.0";
  19
  20   src = fetchurl {
  21     url = "https://github.com/biocaml/phylogenetics/releases/download/v${version}/phylogenetics-${version}.tbz";
  22     hash = "sha256-3oZ9fMAXqOQ02rQ+8W8PZJWXOJLNe2qERrGOeTk3BKg=";
  23   };
  24
  25   minimalOCamlVersion = "4.08";
  26
  27   nativeCheckInputs = [ bppsuite ];
  28   checkInputs = [ alcotest ];
  29   nativeBuildInputs = [ menhir ];
  30   propagatedBuildInputs = [
  31     angstrom-unix
  32     biotk
  33     core
  34     gsl
  35     lacaml
  36     menhirLib
  37     printbox-text
  38   ];
  39
  40   checkPhase = ''
  41     runHook preCheck
  42     dune build @app/fulltest
  43     runHook postCheck
  44   '';
  45   doCheck = true;
  46
  47   meta = with lib; {
  48     description = "Algorithms and datastructures for phylogenetics";
  49     homepage = "https://github.com/biocaml/phylogenetics";
  50     license = licenses.cecill-b;
  51     maintainers = [ maintainers.bcdarwin ];
  52     mainProgram = "phylosim";
  53   };
  54 }