pkgs/development/python-modules/tables/default.nix

   1 { lib
   2 , fetchPypi
   3 , fetchpatch
   4 , buildPythonPackage
   5 , pythonOlder
   6 , bzip2
   7 , c-blosc
   8 , cython
   9 , hdf5
  10 , lzo
  11 , numpy
  12 , numexpr
  13 , packaging
  14   # Test inputs
  15 , pytestCheckHook
  16 }:
  17
  18 buildPythonPackage rec {
  19   pname = "tables";
  20   version = "3.7.0";
  21   disabled = pythonOlder "3.5";
  22
  23   src = fetchPypi {
  24     inherit pname version;
  25     sha256 = "sha256-6SqIetbyqYPlZKaZAt5KdkXDAGn8AavTU+xdolXF4f4=";
  26   };
  27
  28   nativeBuildInputs = [ cython ];
  29
  30   buildInputs = [
  31     bzip2
  32     c-blosc
  33     hdf5
  34     lzo
  35   ];
  36   propagatedBuildInputs = [
  37     numpy
  38     numexpr
  39     packaging  # uses packaging.version at runtime
  40   ];
  41
  42   # When doing `make distclean`, ignore docs
  43   postPatch = ''
  44     substituteInPlace Makefile --replace "src doc" "src"
  45     # Force test suite to error when unittest runner fails
  46     substituteInPlace tables/tests/test_suite.py \
  47       --replace "return 0" "assert result.wasSuccessful(); return 0" \
  48       --replace "return 1" "assert result.wasSuccessful(); return 1"
  49   '';
  50
  51   # Regenerate C code with Cython
  52   preBuild = ''
  53     make distclean
  54   '';
  55
  56   setupPyBuildFlags = [
  57     "--hdf5=${lib.getDev hdf5}"
  58     "--lzo=${lib.getDev lzo}"
  59     "--bzip2=${lib.getDev bzip2}"
  60     "--blosc=${lib.getDev c-blosc}"
  61   ];
  62
  63   checkInputs = [ pytestCheckHook ];
  64   preCheck = ''
  65     cd ..
  66   '';
  67   # Runs the test suite as one single test via unittest. The whole "heavy" test suite supposedly takes ~5 hours to run.
  68   pytestFlagsArray = [
  69     "--pyargs"
  70     "tables.tests.test_suite"
  71   ];
  72
  73   pythonImportsCheck = [ "tables" ];
  74
  75   meta = with lib; {
  76     description = "Hierarchical datasets for Python";
  77     homepage = "https://www.pytables.org/";
  78     license = licenses.bsd2;
  79     maintainers = with maintainers; [ drewrisinger ];
  80   };
  81 }