pkgs/applications/science/biology/blast/bin.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchurl,
   5   python3,
   6   perl,
   7   blast,
   8   autoPatchelfHook,
   9   zlib,
  10   bzip2,
  11   glib,
  12   libxml2,
  13   coreutils,
  14 }:
  15 let
  16   pname = "blast-bin";
  17   version = "2.14.1";
  18
  19   srcs = rec {
  20     x86_64-linux = fetchurl {
  21       url = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/${version}/ncbi-blast-${version}+-x64-linux.tar.gz";
  22       hash = "sha256-OO8MNOk6k0J9FlAGyCOhP+hirEIT6lL+rIInB8dQWEU=";
  23     };
  24     aarch64-linux = fetchurl {
  25       url = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/${version}/ncbi-blast-${version}+-aarch64-linux.tar.gz";
  26       hash = "sha256-JlOyoxZQBbvUcHIMv5muTuGQgrh2uom3rzDurhHQ+FM=";
  27     };
  28     x86_64-darwin = fetchurl {
  29       url = "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/${version}/ncbi-blast-${version}+-x64-macosx.tar.gz";
  30       hash = "sha256-eMfuwMCD6VlDgeshLslDhYBBp0YOpL+6q/zSchR0bAs=";
  31     };
  32     aarch64-darwin = x86_64-darwin;
  33   };
  34   src = srcs.${stdenv.hostPlatform.system};
  35 in
  36 stdenv.mkDerivation {
  37   inherit pname version src;
  38
  39   nativeBuildInputs = lib.optionals stdenv.hostPlatform.isLinux [ autoPatchelfHook ];
  40
  41   buildInputs =
  42     [
  43       python3
  44       perl
  45     ]
  46     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isLinux [
  47       zlib
  48       bzip2
  49       glib
  50       libxml2
  51     ];
  52
  53   installPhase = ''
  54     runHook preInstall
  55
  56     install -Dm755 bin/* -t $out/bin
  57
  58     runHook postInstall
  59   '';
  60
  61   preFixup = ''
  62     substituteInPlace $out/bin/get_species_taxids.sh \
  63       --replace /bin/rm ${coreutils}/bin/rm
  64   '';
  65
  66   meta = with lib; {
  67     inherit (blast.meta) description homepage license;
  68     platforms = [
  69       "x86_64-linux"
  70       "aarch64-linux"
  71       "x86_64-darwin"
  72       "aarch64-darwin"
  73     ];
  74     sourceProvenance = with sourceTypes; [ binaryNativeCode ];
  75     maintainers = with maintainers; [ natsukium ];
  76   };
  77 }