pkgs/applications/science/biology/cd-hit/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchFromGitHub,
   5   makeWrapper,
   6   zlib,
   7   perl,
   8   perlPackages,
   9   openmp,
  10 }:
  11
  12 stdenv.mkDerivation rec {
  13   version = "4.8.1";
  14   pname = "cd-hit";
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "weizhongli";
  18     repo = "cdhit";
  19     rev = "V${version}";
  20     sha256 = "032nva6iiwmw59gjipm1mv0xlcckhxsf45mc2qbnv19lbis0q22i";
  21   };
  22
  23   propagatedBuildInputs = [
  24     perl
  25     perlPackages.TextNSP
  26     perlPackages.ImageMagick
  27   ];
  28
  29   nativeBuildInputs = [
  30     zlib
  31     makeWrapper
  32   ];
  33   buildInputs = lib.optional stdenv.cc.isClang openmp;
  34
  35   makeFlags = [
  36     "CC=${stdenv.cc.targetPrefix}c++" # remove once https://github.com/weizhongli/cdhit/pull/114 is merged
  37     "PREFIX=$(out)/bin"
  38   ];
  39
  40   preInstall = "mkdir -p $out/bin";
  41
  42   postFixup = ''
  43     wrapProgram $out/bin/FET.pl --prefix PERL5LIB : $PERL5LIB
  44     wrapProgram $out/bin/plot_2d.pl --prefix PERL5LIB : $PERL5LIB
  45     wrapProgram $out/bin/clstr_list_sort.pl --prefix PERL5LIB : $PERL5LIB
  46   '';
  47   meta = with lib; {
  48     description = "Clustering and comparing protein or nucleotide sequences";
  49     homepage = "http://weizhongli-lab.org/cd-hit/";
  50     license = licenses.gpl2;
  51     maintainers = [ maintainers.bzizou ];
  52     platforms = platforms.unix;
  53   };
  54 }