pkgs/by-name/de/deeptools/package.nix

   1 {
   2   lib,
   3   python3,
   4   fetchFromGitHub,
   5 }:
   6
   7 python3.pkgs.buildPythonApplication rec {
   8   pname = "deeptools";
   9   version = "3.5.5";
  10   pyproject = true;
  11
  12   src = fetchFromGitHub {
  13     owner = "deeptools";
  14     repo = "deepTools";
  15     tag = version;
  16     hash = "sha256-2kSlL7Y5f/FjVtStnmz+GlTw2oymrtxOCaXlqgbQ7FU=";
  17   };
  18
  19   nativeBuildInputs = with python3.pkgs; [
  20     setuptools
  21   ];
  22
  23   propagatedBuildInputs = with python3.pkgs; [
  24     numpy
  25     numpydoc
  26     scipy
  27     py2bit
  28     pybigwig
  29     pysam
  30     matplotlib
  31     plotly
  32     deeptoolsintervals
  33     importlib-metadata
  34   ];
  35
  36   nativeCheckInputs = with python3.pkgs; [
  37     pytestCheckHook
  38   ];
  39
  40   preCheck = ''
  41     export PATH="$out/bin:$PATH"
  42   '';
  43
  44   disabledTestPaths = [
  45     # tests trip on `len(sys.argv) == 1`
  46     "deeptools/test/test_bigwigAverage.py"
  47     "deeptools/test/test_bigwigCompare_and_multiBigwigSummary.py"
  48     "deeptools/test/test_heatmapper.py"
  49     "deeptools/test/test_multiBamSummary.py"
  50   ];
  51
  52   meta = with lib; {
  53     homepage = "https://deeptools.readthedocs.io/en/develop";
  54     description = "Tools for exploring deep DNA sequencing data";
  55     longDescription = ''
  56       deepTools contains useful modules to process the mapped reads data for multiple
  57       quality checks, creating normalized coverage files in standard bedGraph and bigWig
  58       file formats, that allow comparison between different files (for example, treatment and control).
  59       Finally, using such normalized and standardized files, deepTools can create many
  60       publication-ready visualizations to identify enrichments and for functional
  61       annotations of the genome.
  62     '';
  63     license = with licenses; [
  64       mit
  65       bsd3
  66     ];
  67     maintainers = with maintainers; [ scalavision ];
  68   };
  69 }