pkgs/by-name/ec/ecopcr/package.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchurl,
   5   gcc,
   6   zlib,
   7   python3,
   8 }:
   9
  10 stdenv.mkDerivation rec {
  11   pname = "ecopcr";
  12   version = "1.0.1";
  13
  14   src = fetchurl {
  15     url = "https://git.metabarcoding.org/obitools/ecopcr/-/archive/ecopcr_v${version}/ecopcr-ecopcr_v${version}.tar.gz";
  16     hash = "sha256-ssvWpi7HuuRRAkpqqrX3ijLuBqM3QsrmrG+t7/m6fZA=";
  17   };
  18
  19   buildInputs = [
  20     gcc
  21     python3
  22     zlib
  23   ];
  24
  25   preConfigure = ''
  26     cd src
  27   '';
  28
  29   installPhase = ''
  30     mkdir -p $out/bin
  31     cp -v ecoPCR $out/bin
  32     cp -v ecogrep $out/bin
  33     cp -v ecofind $out/bin
  34     cp -v ../tools/ecoPCRFormat.py $out/bin/ecoPCRFormat
  35     chmod a+x $out/bin/ecoPCRFormat
  36   '';
  37
  38   meta = with lib; {
  39     description = "Electronic PCR software tool";
  40     longDescription = ''
  41       ecoPCR is an electronic PCR software developed by the LECA. It
  42       helps you estimate Barcode primers quality. In conjunction with
  43       OBITools, you can postprocess ecoPCR output to compute barcode
  44       coverage and barcode specificity. New barcode primers can be
  45       developed using the ecoPrimers software.
  46     '';
  47     homepage = "https://git.metabarcoding.org/obitools/ecopcr/wikis/home";
  48     license = licenses.cecill20;
  49     maintainers = [ ];
  50   };
  51 }