pkgs/by-name/sp/spip/package.nix

   1 {
   2   fetchFromGitHub,
   3   fetchurl,
   4   lib,
   5   makeWrapper,
   6   rPackages,
   7   rWrapper,
   8   stdenv,
   9 }:
  10
  11 let
  12   my-r-packages = rWrapper.override {
  13     packages = with rPackages; [
  14       foreach
  15       doParallel
  16       randomForest
  17     ];
  18   };
  19   transcriptome-url = "https://kumisystems.dl.sourceforge.net/project/splicing-prediction-pipeline/transcriptome/";
  20
  21   transcriptome19 = fetchurl {
  22     url = transcriptome-url + "/transcriptome_hg19.RData";
  23     hash = "sha256-E8UmHoNoySSIde+TRE6bxVP0PrccpKDvIHBGCvWnYOw=";
  24   };
  25
  26   transcriptome38 = fetchurl {
  27     url = transcriptome-url + "/transcriptome_hg38.RData";
  28     hash = "sha256-mQMMZVN1byXMYjFoRdezmoZtnhUur2CHOP/j/pmw8as=";
  29   };
  30
  31 in
  32
  33 stdenv.mkDerivation {
  34   pname = "spip";
  35   version = "unstable-2023-04-19";
  36
  37   src = fetchFromGitHub {
  38     owner = "raphaelleman";
  39     repo = "SPiP";
  40     rev = "cae95fe0ee7a2602630b7a4eacbf7cfa0e1763f0";
  41     hash = "sha256-/CufUaQYnsdo8Rij/24JmixPgMi7o1CApLxeTneWAVc=";
  42   };
  43
  44   nativeBuildInputs = [ makeWrapper ];
  45   buildInput = [ my-r-packages ];
  46
  47   installPhase = ''
  48     runHook preInstall
  49
  50     mkdir -p $out/bin
  51     cp SPiPv2.1_main.r $out/
  52     cp -r RefFiles $out/
  53     ln -s ${transcriptome19} $out/RefFiles/transcriptome_hg19.RData
  54     ln -s ${transcriptome38} $out/RefFiles/transcriptome_hg38.RData
  55     makeWrapper ${my-r-packages}/bin/Rscript $out/bin/spip \
  56       --add-flags "$out/SPiPv2.1_main.r"
  57
  58     runHook postInstall
  59   '';
  60
  61   meta = with lib; {
  62     description = "A random forest model for splice prediction in genomics";
  63     license = licenses.mit;
  64     homepage = "https://github.com/raphaelleman/SPiP";
  65     maintainers = with maintainers; [ apraga ];
  66     platforms = platforms.unix;
  67     mainProgram = "spip";
  68   };
  69 }