pkgs/by-name/ti/tiddit/package.nix

   1 {
   2   bwa,
   3   lib,
   4   fermi2,
   5   ropebwt2,
   6   fetchFromGitHub,
   7   python3Packages,
   8 }:
   9 python3Packages.buildPythonApplication rec {
  10   name = "tiddit";
  11   version = "3.6.1";
  12   pyproject = true;
  13
  14   src = fetchFromGitHub {
  15     owner = "SciLifeLab";
  16     repo = "TIDDIT";
  17     tag = "TIDDIT-${version}";
  18     hash = "sha256-OeqVQJDw0fmSDWIGab2qtTJCzZxqLY2XzRqaTRuPIdI=";
  19   };
  20
  21   build-system = with python3Packages; [
  22     setuptools
  23     wheel
  24   ];
  25
  26   dependencies = with python3Packages; [
  27     cython
  28     joblib
  29     numpy
  30     pysam
  31   ];
  32
  33   makeWrapperArgs = [
  34     "--prefix PATH : ${
  35       lib.makeBinPath [
  36         bwa
  37         fermi2
  38         ropebwt2
  39       ]
  40     }"
  41   ];
  42
  43   meta = {
  44     homepage = "https://github.com/SciLifeLab/TIDDIT";
  45     description = "Identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data";
  46     mainProgram = "tiddit";
  47     license = lib.licenses.gpl3Only;
  48     maintainers = with lib.maintainers; [ apraga ];
  49     platforms = lib.platforms.unix;
  50   };
  51 }