flirt: init at 0.2 (#362189)
[NixPkgs.git] / pkgs / development / perl-modules / Bio-BigFile / default.nix
blob3c360c2396a8db874eb573dc226a2827d4ea075e
2  BioPerl,
3  IOString,
4  buildPerlModule,
5  fetchFromGitHub,
6  fetchurl,
7  kent,
8  lib,
9  libmysqlclient,
10  libpng,
11  openssl,
14 buildPerlModule rec {
15   pname = "Bio-BigFile";
16   version = "1.07";
18   src = fetchurl {
19     url = "mirror://cpan/authors/id/L/LD/LDS/Bio-BigFile-${version}.tar.gz";
20     sha256 = "277b66ce8acbdd52399e2c5a0cf4e3bd5c74c12b94877cd383d0c4c97740d16d";
21   };
23   # Only kent 335 works with Bio-BigFile, see
24   # - official documentation: https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#bigfile
25   # - one of the developer's answer: https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/issues/1412
26   # BioBigfile needs the environment variable KENT_SRC to find kent
27   KENT_SRC = kent.overrideAttrs (old: rec {
28     pname = "kent";
29     version = "335";
31     src = fetchFromGitHub {
32       owner = "ucscGenomeBrowser";
33       repo = "kent";
34       rev = "v${version}_base";
35       sha256 = "1455dwzpaq4hyhcqj3fpwgq5a39kp46qarfbr6ms6l2lz583r083";
36     };
38     patches = [
39       # Fix  for linking error with zlib. Adding zlib as a dependency is not enough
40       ./kent-utils.patch
41       # Vendoring upstream patch (not merged in uscsGenomeBrowser/kent)
42       ./kent-316e4fd40f53c96850128fd65097a42623d1e736.patch
43     ];
44   });
47   buildInputs = [
48     BioPerl
49     IOString
50     libpng
51     libmysqlclient
52     openssl
53   ];
55   # Ensure compatibility with GCC-11 (compilation fails if -Wno-format-security)
56   hardeningDisable = [ "format" ];
58   meta = with lib; {
59     homepage = "https://metacpan.org/dist/Bio-BigFile";
60     description = "Manipulate Jim Kent's BigWig and BigBed index files for genomic features";
61     license = licenses.artistic2;
62     maintainers = with maintainers; [ apraga ];
63   };