tana: 1.0.17 -> 1.0.18 (#363483)
[NixPkgs.git] / pkgs / development / perl-modules / Bio-BigFile / default.nix
blobfe4c85490ba45f5c102d9eadd399199fbc69ef6c
2   BioPerl,
3   IOString,
4   buildPerlModule,
5   fetchFromGitHub,
6   fetchurl,
7   kent,
8   lib,
9   libmysqlclient,
10   libpng,
11   openssl,
14 buildPerlModule rec {
15   pname = "Bio-BigFile";
16   version = "1.07";
18   src = fetchurl {
19     url = "mirror://cpan/authors/id/L/LD/LDS/Bio-BigFile-${version}.tar.gz";
20     sha256 = "277b66ce8acbdd52399e2c5a0cf4e3bd5c74c12b94877cd383d0c4c97740d16d";
21   };
23   # Only kent 335 works with Bio-BigFile, see
24   # - official documentation: https://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#bigfile
25   # - one of the developer's answer: https://github.com/Ensembl/ensembl-vep/issues/1412
26   # BioBigfile needs the environment variable KENT_SRC to find kent
27   KENT_SRC = kent.overrideAttrs (old: rec {
28     pname = "kent";
29     version = "335";
31     src = fetchFromGitHub {
32       owner = "ucscGenomeBrowser";
33       repo = "kent";
34       rev = "v${version}_base";
35       sha256 = "1455dwzpaq4hyhcqj3fpwgq5a39kp46qarfbr6ms6l2lz583r083";
36     };
38     patches = [
39       # Fix  for linking error with zlib. Adding zlib as a dependency is not enough
40       ./kent-utils.patch
41       # Vendoring upstream patch (not merged in uscsGenomeBrowser/kent)
42       ./kent-316e4fd40f53c96850128fd65097a42623d1e736.patch
43     ];
44   });
46   buildInputs = [
47     BioPerl
48     IOString
49     libpng
50     libmysqlclient
51     openssl
52   ];
54   # Ensure compatibility with GCC-11 (compilation fails if -Wno-format-security)
55   hardeningDisable = [ "format" ];
57   meta = with lib; {
58     homepage = "https://metacpan.org/dist/Bio-BigFile";
59     description = "Manipulate Jim Kent's BigWig and BigBed index files for genomic features";
60     license = licenses.artistic2;
61     maintainers = with maintainers; [ apraga ];
62   };