pkgs/development/python-modules/bwapy/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   pythonAtLeast,
   5   pythonOlder,
   6   fetchPypi,
   7   bwa,
   8   cffi,
   9   zlib,
  10 }:
  11
  12 buildPythonPackage rec {
  13   pname = "bwapy";
  14   version = "0.1.4";
  15   format = "setuptools";
  16
  17   # uses the removed imp module
  18   disabled = pythonOlder "3.6" || pythonAtLeast "3.12";
  19
  20   src = fetchPypi {
  21     inherit pname version;
  22     sha256 = "090qwx3vl729zn3a7sksbviyg04kc71gpbm3nd8dalqp673x1npw";
  23   };
  24   postPatch = ''
  25     # replace bundled bwa
  26     rm -r bwa/*
  27     cp ${bwa}/lib/*.a ${bwa}/include/*.h bwa/
  28
  29     substituteInPlace setup.py \
  30       --replace 'setuptools>=49.2.0' 'setuptools'
  31   '';
  32
  33   buildInputs = [
  34     zlib
  35     bwa
  36   ];
  37
  38   propagatedBuildInputs = [ cffi ];
  39
  40   # no tests
  41   doCheck = false;
  42   pythonImportsCheck = [ "bwapy" ];
  43
  44   meta = with lib; {
  45     homepage = "https://github.com/ACEnglish/bwapy";
  46     description = "Python bindings to bwa mem aligner";
  47     mainProgram = "bwamempy";
  48     license = licenses.mpl20;
  49     maintainers = with maintainers; [ ris ];
  50   };
  51 }