pkgs/development/python-modules/nibabel/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchPypi,
   5   pythonAtLeast,
   6   pythonOlder,
   7   hatchling,
   8   hatch-vcs,
   9   numpy,
  10   packaging,
  11   importlib-resources,
  12   pydicom,
  13   pillow,
  14   h5py,
  15   scipy,
  16   git,
  17   pytest-doctestplus,
  18   pytest-httpserver,
  19   pytest-xdist,
  20   pytest7CheckHook,
  21 }:
  22
  23 buildPythonPackage rec {
  24   pname = "nibabel";
  25   version = "5.2.1";
  26   pyproject = true;
  27
  28   disabled = pythonOlder "3.8";
  29
  30   src = fetchPypi {
  31     inherit pname version;
  32     hash = "sha256-tsgLLnKOS8K2XxFC2bjSKHqRAqi/hHfhFe8NgzRVmXU=";
  33   };
  34
  35   nativeBuildInputs = [
  36     hatchling
  37     hatch-vcs
  38   ];
  39
  40   propagatedBuildInputs = [
  41     numpy
  42     packaging
  43   ] ++ lib.optionals (pythonOlder "3.9") [ importlib-resources ];
  44
  45   optional-dependencies = rec {
  46     all = dicom ++ dicomfs ++ minc2 ++ spm ++ zstd;
  47     dicom = [ pydicom ];
  48     dicomfs = [ pillow ] ++ dicom;
  49     minc2 = [ h5py ];
  50     spm = [ scipy ];
  51     zstd = [
  52       # TODO: pyzstd
  53     ];
  54   };
  55
  56   nativeCheckInputs = [
  57     git
  58     pytest-doctestplus
  59     pytest-httpserver
  60     pytest-xdist
  61     pytest7CheckHook
  62   ] ++ optional-dependencies.all;
  63
  64   preCheck = ''
  65     export PATH=$out/bin:$PATH
  66   '';
  67
  68   disabledTestPaths = lib.optionals (pythonAtLeast "3.12") [
  69     # uses distutils
  70     "nisext/tests/test_sexts.py"
  71   ];
  72
  73   meta = with lib; {
  74     homepage = "https://nipy.org/nibabel";
  75     changelog = "https://github.com/nipy/nibabel/blob/${version}/Changelog";
  76     description = "Access a multitude of neuroimaging data formats";
  77     license = licenses.mit;
  78     maintainers = with maintainers; [ ashgillman ];
  79   };
  80 }