pkgs/development/python-modules/nipype/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   buildPythonPackage,
   5   fetchPypi,
   6   pythonOlder,
   7   # python dependencies
   8   click,
   9   python-dateutil,
  10   etelemetry,
  11   filelock,
  12   funcsigs,
  13   future,
  14   looseversion,
  15   mock,
  16   networkx,
  17   nibabel,
  18   numpy,
  19   packaging,
  20   prov,
  21   psutil,
  22   pybids,
  23   pydot,
  24   pytest,
  25   pytest-xdist,
  26   pytest-forked,
  27   rdflib,
  28   scipy,
  29   simplejson,
  30   traits,
  31   xvfbwrapper,
  32   # other dependencies
  33   which,
  34   bash,
  35   glibcLocales,
  36   # causes Python packaging conflict with any package requiring rdflib,
  37   # so use the unpatched rdflib by default (disables Nipype provenance tracking);
  38   # see https://github.com/nipy/nipype/issues/2888:
  39   useNeurdflib ? false,
  40 }:
  41
  42 buildPythonPackage rec {
  43   pname = "nipype";
  44   version = "1.8.6";
  45   disabled = pythonOlder "3.7";
  46   format = "setuptools";
  47
  48   src = fetchPypi {
  49     inherit pname version;
  50     hash = "sha256-l3sTFej3D5QWPsB+MeVXG+g/Kt1gIxQcWgascAEm+NE=";
  51   };
  52
  53   postPatch = ''
  54     substituteInPlace nipype/interfaces/base/tests/test_core.py \
  55       --replace "/usr/bin/env bash" "${bash}/bin/bash"
  56   '';
  57
  58   pythonRelaxDeps = [ "traits" ];
  59
  60   propagatedBuildInputs = [
  61     click
  62     python-dateutil
  63     etelemetry
  64     filelock
  65     funcsigs
  66     future
  67     looseversion
  68     networkx
  69     nibabel
  70     numpy
  71     packaging
  72     prov
  73     psutil
  74     pydot
  75     rdflib
  76     scipy
  77     simplejson
  78     traits
  79     xvfbwrapper
  80   ];
  81
  82   nativeCheckInputs = [
  83     pybids
  84     glibcLocales
  85     mock
  86     pytest
  87     pytest-forked
  88     pytest-xdist
  89     which
  90   ];
  91
  92   # checks on darwin inspect memory which doesn't work in build environment
  93   doCheck = !stdenv.hostPlatform.isDarwin;
  94   # ignore tests which incorrect fail to detect xvfb
  95   checkPhase = ''
  96     LC_ALL="en_US.UTF-8" pytest nipype/tests -k 'not display and not test_no_et_multiproc'
  97   '';
  98   pythonImportsCheck = [ "nipype" ];
  99
 100   meta = with lib; {
 101     homepage = "https://nipy.org/nipype/";
 102     description = "Neuroimaging in Python: Pipelines and Interfaces";
 103     mainProgram = "nipypecli";
 104     license = licenses.bsd3;
 105     maintainers = with maintainers; [ ashgillman ];
 106   };
 107 }