pkgs/development/python-modules/numpy/2.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchPypi,
   5   python,
   6   numpy_2,
   7   pythonAtLeast,
   8   pythonOlder,
   9   buildPythonPackage,
  10   writeTextFile,
  11
  12   # build-system
  13   cython,
  14   gfortran,
  15   meson-python,
  16   mesonEmulatorHook,
  17   pkg-config,
  18   xcbuild,
  19
  20   # native dependencies
  21   blas,
  22   lapack,
  23
  24   # Reverse dependency
  25   sage,
  26
  27   # tests
  28   hypothesis,
  29   pytest-xdist,
  30   pytestCheckHook,
  31   setuptools,
  32   typing-extensions,
  33 }:
  34
  35 assert (!blas.isILP64) && (!lapack.isILP64);
  36
  37 let
  38   cfg = writeTextFile {
  39     name = "site.cfg";
  40     text = lib.generators.toINI { } {
  41       ${blas.implementation} = {
  42         include_dirs = "${lib.getDev blas}/include:${lib.getDev lapack}/include";
  43         library_dirs = "${blas}/lib:${lapack}/lib";
  44         runtime_library_dirs = "${blas}/lib:${lapack}/lib";
  45         libraries = "lapack,lapacke,blas,cblas";
  46       };
  47       lapack = {
  48         include_dirs = "${lib.getDev lapack}/include";
  49         library_dirs = "${lapack}/lib";
  50         runtime_library_dirs = "${lapack}/lib";
  51       };
  52       blas = {
  53         include_dirs = "${lib.getDev blas}/include";
  54         library_dirs = "${blas}/lib";
  55         runtime_library_dirs = "${blas}/lib";
  56       };
  57     };
  58   };
  59 in
  60 buildPythonPackage rec {
  61   pname = "numpy";
  62   version = "2.2.0";
  63   pyproject = true;
  64
  65   disabled = pythonOlder "3.10";
  66
  67   src = fetchPypi {
  68     inherit pname version;
  69     extension = "tar.gz";
  70     hash = "sha256-FA3YD/iYGlg6YJgL4aZVBo+K3r96RaBqaFjIc/zc1KA=";
  71   };
  72
  73   patches = lib.optionals python.hasDistutilsCxxPatch [
  74     # We patch cpython/distutils to fix https://bugs.python.org/issue1222585
  75     # Patching of numpy.distutils is needed to prevent it from undoing the
  76     # patch to distutils.
  77     ./numpy-distutils-C++.patch
  78   ];
  79
  80   postPatch = ''
  81     # remove needless reference to full Python path stored in built wheel
  82     substituteInPlace numpy/meson.build \
  83       --replace-fail 'py.full_path()' "'python'"
  84   '';
  85
  86   build-system =
  87     [
  88       cython
  89       gfortran
  90       meson-python
  91       pkg-config
  92     ]
  93     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ xcbuild.xcrun ]
  94     ++ lib.optionals (!stdenv.buildPlatform.canExecute stdenv.hostPlatform) [ mesonEmulatorHook ];
  95
  96   # we default openblas to build with 64 threads
  97   # if a machine has more than 64 threads, it will segfault
  98   # see https://github.com/OpenMathLib/OpenBLAS/issues/2993
  99   preConfigure = ''
 100     sed -i 's/-faltivec//' numpy/distutils/system_info.py
 101     export OMP_NUM_THREADS=$((NIX_BUILD_CORES > 64 ? 64 : NIX_BUILD_CORES))
 102   '';
 103
 104   buildInputs = [
 105     blas
 106     lapack
 107   ];
 108
 109   preBuild = ''
 110     ln -s ${cfg} site.cfg
 111   '';
 112
 113   enableParallelBuilding = true;
 114
 115   nativeCheckInputs = [
 116     hypothesis
 117     pytestCheckHook
 118     pytest-xdist
 119     setuptools
 120     typing-extensions
 121   ];
 122
 123   preCheck = ''
 124     pushd $out
 125   '';
 126
 127   postCheck = ''
 128     popd
 129   '';
 130
 131   # https://github.com/numpy/numpy/blob/a277f6210739c11028f281b8495faf7da298dbef/numpy/_pytesttester.py#L180
 132   pytestFlagsArray = [
 133     "-m"
 134     "not\\ slow" # fast test suite
 135   ];
 136
 137   disabledTests =
 138     [
 139       # Tries to import numpy.distutils.msvccompiler, removed in setuptools 74.0
 140       "test_api_importable"
 141     ]
 142     ++ lib.optionals (pythonAtLeast "3.13") [
 143       # https://github.com/numpy/numpy/issues/26713
 144       "test_iter_refcount"
 145     ]
 146     ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isAarch32 [
 147       # https://github.com/numpy/numpy/issues/24548
 148       "test_impossible_feature_enable" # AssertionError: Failed to generate error
 149       "test_features" # AssertionError: Failure Detection
 150       "test_new_policy" # AssertionError: assert False
 151       "test_identityless_reduction_huge_array" # ValueError: Maximum allowed dimension exceeded
 152       "test_unary_spurious_fpexception" # AssertionError: Got warnings: [<warnings.WarningMessage object at 0xd1197430>]
 153       "test_int" # AssertionError: selectedintkind(19): expected 16 but got -1
 154       "test_real" # AssertionError: selectedrealkind(16): expected 10 but got -1
 155       "test_quad_precision" # AssertionError: selectedrealkind(32): expected 16 but got -1
 156       "test_big_arrays" # ValueError: array is too big; `arr.size * arr.dtype.itemsize` is larger tha...
 157       "test_multinomial_pvals_float32" # Failed: DID NOT RAISE <class 'ValueError'>
 158     ]
 159     ++ lib.optionals (stdenv.hostPlatform.isDarwin && stdenv.hostPlatform.isx86_64) [
 160       # AssertionError: (np.int64(0), np.longdouble('9.9999999999999994515e-21'), np.longdouble('3.9696755572509052902e+20'), 'arctanh')
 161       "test_loss_of_precision"
 162     ];
 163
 164   passthru = {
 165     # just for backwards compatibility
 166     blas = blas.provider;
 167     blasImplementation = blas.implementation;
 168     inherit cfg;
 169     coreIncludeDir = "${numpy_2}/${python.sitePackages}/numpy/_core/include";
 170     tests = {
 171       inherit sage;
 172     };
 173   };
 174
 175   meta = {
 176     changelog = "https://github.com/numpy/numpy/releases/tag/v${version}";
 177     description = "Scientific tools for Python";
 178     homepage = "https://numpy.org/";
 179     license = lib.licenses.bsd3;
 180     maintainers = with lib.maintainers; [ doronbehar ];
 181   };
 182 }