pkgs/development/python-modules/pdb2pqr/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchPypi,
   5   pythonOlder,
   6   mmcif-pdbx,
   7   numpy,
   8   propka,
   9   requests,
  10   docutils,
  11   pytestCheckHook,
  12   pandas,
  13   testfixtures,
  14 }:
  15
  16 buildPythonPackage rec {
  17   pname = "pdb2pqr";
  18   version = "3.6.2";
  19   format = "setuptools";
  20
  21   disabled = pythonOlder "3.7";
  22
  23   src = fetchPypi {
  24     inherit pname version;
  25     hash = "sha256-He301TJ1bzWub0DZ6Ro/Xc+JMtJBbyygVpWjPY6RMbA=";
  26   };
  27
  28
  29   pythonRelaxDeps = [ "docutils" ];
  30
  31   propagatedBuildInputs = [
  32     mmcif-pdbx
  33     numpy
  34     propka
  35     requests
  36     docutils
  37   ];
  38
  39   nativeCheckInputs = [
  40     pytestCheckHook
  41     pandas
  42     testfixtures
  43   ];
  44
  45   disabledTests = [
  46     # these tests have network access
  47     "test_short_pdb"
  48     "test_basic_cif"
  49     "test_long_pdb"
  50     "test_ligand_biomolecule"
  51     "test_log_output_in_pqr_location"
  52     "test_propka_apo"
  53     "test_propka_pka"
  54     "test_basic"
  55   ];
  56
  57   pythonImportsCheck = [ "pdb2pqr" ];
  58
  59   meta = with lib; {
  60     description = "Software for determining titration states, adding missing atoms, and assigning charges/radii to biomolecules";
  61     homepage = "https://www.poissonboltzmann.org/";
  62     changelog = "https://github.com/Electrostatics/pdb2pqr/releases/tag/v${version}";
  63     license = licenses.bsd3;
  64     maintainers = with maintainers; [ natsukium ];
  65   };
  66 }