pkgs/development/python-modules/pybigwig/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5   numpy,
   6   pytestCheckHook,
   7   pythonOlder,
   8   zlib,
   9 }:
  10
  11 buildPythonPackage rec {
  12   pname = "pybigwig";
  13   version = "0.3.23";
  14   format = "setuptools";
  15
  16   disabled = pythonOlder "3.9";
  17
  18   src = fetchFromGitHub {
  19     owner = "deeptools";
  20     repo = "pyBigWig";
  21     rev = "refs/tags/${version}";
  22     hash = "sha256-ch9nZrQAnzFQQ62/NF4J51pV4DQAbVq4/f/6LaXf5hM=";
  23   };
  24
  25   buildInputs = [ zlib ];
  26
  27   nativeCheckInputs = [
  28     numpy
  29     pytestCheckHook
  30   ];
  31
  32   pythonImportsCheck = [ "pyBigWig" ];
  33
  34   pytestFlagsArray = [ "pyBigWigTest/test*.py" ];
  35
  36   disabledTests = [
  37     # Test file is donwloaded from GitHub
  38     "testAll"
  39     "testBigBed"
  40     "testFoo"
  41     "testNumpyValues"
  42   ];
  43
  44   meta = with lib; {
  45     description = "File access to bigBed files, and read and write access to bigWig files";
  46     longDescription = ''
  47       A Python extension, written in C, for quick access to bigBed files
  48       and access to and creation of bigWig files. This extension uses
  49       libBigWig for local and remote file access.
  50     '';
  51     homepage = "https://github.com/deeptools/pyBigWig";
  52     changelog = "https://github.com/deeptools/pyBigWig/releases/tag/${version}";
  53     license = licenses.mit;
  54     maintainers = with maintainers; [ scalavision ];
  55   };
  56 }