pkgs/development/python-modules/ruffus/default.nix

   1 {
   2   gevent,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5   hostname,
   6   pytest,
   7   lib,
   8   stdenv,
   9 }:
  10
  11 buildPythonPackage rec {
  12   pname = "ruffus";
  13   version = "2.8.4";
  14   format = "setuptools";
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "cgat-developers";
  18     repo = pname;
  19     rev = "v${version}";
  20     sha256 = "0fnzpchwwqsy5h18fs0n90s51w25n0dx0l74j0ka6lvhjl5sxn4c";
  21   };
  22
  23   propagatedBuildInputs = [ gevent ];
  24
  25   nativeCheckInputs = [
  26     hostname
  27     pytest
  28   ];
  29
  30   # tests very flaky & hang often on darwin
  31   doCheck = !stdenv.hostPlatform.isDarwin;
  32   # test files do indeed need to be executed separately
  33   checkPhase = ''
  34     pushd ruffus/test
  35     rm test_with_logger.py  # spawns 500 processes
  36     for f in test_*.py ; do
  37       HOME=$TMPDIR pytest -v --disable-warnings $f
  38     done
  39     popd
  40   '';
  41   pythonImportsCheck = [ "ruffus" ];
  42
  43   meta = with lib; {
  44     description = "Light-weight Python Computational Pipeline Management";
  45     homepage = "http://www.ruffus.org.uk";
  46     license = licenses.mit;
  47     maintainers = [ ];
  48   };
  49 }