biome: 1.9.2 -> 1.9.3
[NixPkgs.git] / pkgs / applications / science / biology / bcftools / default.nix
blob1e4483530238577b15677e69beb34d4a159efba9
1 { lib, stdenv, fetchurl, htslib, zlib, bzip2, xz, curl, perl, python3, bash }:
3 stdenv.mkDerivation rec {
4   pname = "bcftools";
5   version = "1.21";
7   src = fetchurl {
8     url = "https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/${version}/${pname}-${version}.tar.bz2";
9     sha256 = "sha256-UopMwdNVU2jbdacAsio8ldqJP9GCf20wRxbf1F6k4oI=";
10   };
12   nativeBuildInputs = [
13     perl
14     python3
15   ];
17   buildInputs = [ htslib zlib bzip2 xz curl ];
19   strictDeps = true;
21   makeFlags = [
22     "HSTDIR=${htslib}"
23     "prefix=$(out)"
24     "CC=${stdenv.cc.targetPrefix}cc"
25   ];
27   preCheck = ''
28     patchShebangs misc/
29     patchShebangs test/
30     sed -ie 's|/bin/bash|${bash}/bin/bash|' test/test.pl
31   '';
33   enableParallelBuilding = true;
35   doCheck = true;
37   meta = with lib; {
38     description = "Tools for manipulating BCF2/VCF/gVCF format, SNP and short indel sequence variants";
39     license = licenses.mit;
40     homepage = "http://www.htslib.org/";
41     platforms = platforms.unix;
42     maintainers = [ maintainers.mimame ];
43   };