pkgs/applications/science/biology/bowtie2/default.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , fetchFromGitHub
   4 , cmake
   5 , perl
   6 , python3
   7 , tbb
   8 , zlib
   9 , runCommand
  10 , bowtie2
  11 }:
  12
  13 stdenv.mkDerivation (finalAttrs: {
  14   pname = "bowtie2";
  15   version = "2.5.4";
  16
  17   src = fetchFromGitHub {
  18     owner = "BenLangmead";
  19     repo = "bowtie2";
  20     rev = "refs/tags/v${finalAttrs.version}";
  21     fetchSubmodules = true;
  22     hash = "sha256-ZbmVOItfAgKdsMrvQIXgKiPtoQJZYfGblCGDoNPjvTU=";
  23   };
  24
  25   # because of this flag, gcc on aarch64 cannot find the Threads
  26   # Could NOT find Threads (missing: Threads_FOUND)
  27   # TODO: check with other distros and report upstream
  28   postPatch = ''
  29     substituteInPlace CMakeLists.txt \
  30       --replace "-m64" ""
  31   '';
  32
  33   nativeBuildInputs = [ cmake ];
  34
  35   buildInputs = [ tbb zlib python3 perl ];
  36
  37   cmakeFlags = lib.optional (!stdenv.hostPlatform.isx86) ["-DCMAKE_CXX_FLAGS=-I${finalAttrs.src}/third_party"];
  38
  39   # ctest fails because of missing dependencies between tests
  40   doCheck = false;
  41
  42   passthru.tests = {
  43     ctest = runCommand "${finalAttrs.pname}-test" { } ''
  44       mkdir $out
  45       ${lib.getExe bowtie2} -x ${finalAttrs.src}/example/index/lambda_virus ${finalAttrs.src}/example/reads/longreads.fq -u 10
  46       ${bowtie2}/bin/bowtie2-build-s -c GGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTA $out/small
  47       ${bowtie2}/bin/bowtie2-inspect-s $out/small
  48       ${bowtie2}/bin/bowtie2-build-l -c GGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTA $out/large
  49       ${bowtie2}/bin/bowtie2-inspect-l $out/large
  50     '';
  51   };
  52
  53   meta = with lib; {
  54     description = "Ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences";
  55     license = licenses.gpl3Plus;
  56     homepage = "http://bowtie-bio.sf.net/bowtie2";
  57     changelog = "https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases/tag/${lib.removePrefix "refs/tags/" finalAttrs.src.rev}";
  58     maintainers = with maintainers; [ rybern ];
  59     platforms = platforms.all;
  60     mainProgram = "bowtie2";
  61   };
  62 })