pkgs/applications/science/biology/eggnog-mapper/default.nix

   1 { lib
   2 , autoPatchelfHook
   3 , fetchFromGitHub
   4 , python3Packages
   5 , wget
   6 , zlib
   7 }:
   8
   9 python3Packages.buildPythonApplication rec {
  10   pname = "eggnog-mapper";
  11   version = "2.1.12";
  12
  13   src = fetchFromGitHub {
  14     owner = "eggnogdb";
  15     repo = pname;
  16     rev = "refs/tags/${version}";
  17     hash = "sha256-+luxXQmtGufYrA/9Ak3yKzbotOj2HM3vhIoOxE+Ty1U=";
  18   };
  19
  20   postPatch = ''
  21     # Not a great solution...
  22     substituteInPlace setup.cfg \
  23       --replace "==" ">="
  24   '';
  25
  26   nativeBuildInputs = [
  27     autoPatchelfHook
  28   ];
  29
  30   buildInputs = [
  31     zlib
  32   ];
  33
  34   propagatedBuildInputs = [
  35     wget
  36   ] ++ (with python3Packages; [
  37     biopython
  38     psutil
  39     xlsxwriter
  40   ]);
  41
  42   # Tests rely on some of the databases being available, which is not bundled
  43   # with this package as (1) in total, they represent >100GB of data, and (2)
  44   # the user can download only those that interest them.
  45   doCheck = false;
  46
  47   meta = with lib; {
  48     description = "Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment";
  49     license = licenses.gpl2;
  50     homepage = "https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki";
  51     maintainers = with maintainers; [ luispedro ];
  52     platforms = platforms.all;
  53   };
  54 }