pkgs/applications/science/biology/last/default.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , fetchFromGitLab
   4 , unzip
   5 , zlib
   6 , python3
   7 , parallel
   8 }:
   9
  10 stdenv.mkDerivation rec {
  11   pname = "last";
  12   version = "1550";
  13
  14   src = fetchFromGitLab {
  15     owner = "mcfrith";
  16     repo = "last";
  17     rev = "refs/tags/${version}";
  18     hash = "sha256-kvI3m2FIPscU/a3GEH+O3yx5TgdNHdYP6OW3/mI2roM=";
  19   };
  20
  21   nativeBuildInputs = [
  22     unzip
  23   ];
  24
  25   buildInputs = [
  26     zlib
  27     python3
  28   ];
  29
  30   makeFlags = [
  31     "prefix=${placeholder "out"}"
  32   ];
  33
  34   postFixup = ''
  35     for f in $out/bin/parallel-* ; do
  36       sed -i 's|parallel |${parallel}/bin/parallel |' $f
  37     done
  38   '';
  39
  40   meta = with lib; {
  41     description = "Genomic sequence aligner";
  42     homepage = "https://gitlab.com/mcfrith/last";
  43     license = licenses.gpl3Plus;
  44     maintainers = with maintainers; [ jbedo ];
  45     platforms = platforms.x86_64;
  46   };
  47 }