pkgs/applications/science/biology/samblaster/default.nix

   1 { lib, stdenv, fetchFromGitHub }:
   2
   3 stdenv.mkDerivation rec {
   4   pname = "samblaster";
   5   version = "0.1.26";
   6
   7   src = fetchFromGitHub {
   8     owner = "GregoryFaust";
   9     repo = "samblaster";
  10     rev = "v.${version}";
  11     sha256 = "0g24fq5hplnfgqkh3xqpg3lgx3wmxwnh9c7m6yw7pbi40lmgl1jv";
  12   };
  13
  14   makeFlags = [ "CPP=${stdenv.cc.targetPrefix}c++" ];
  15
  16   installPhase = ''
  17     mkdir -p $out/bin
  18     cp samblaster $out/bin
  19   '';
  20
  21   meta = with lib; {
  22     description = "Tool for marking duplicates and extracting discordant/split reads from SAM/BAM files";
  23     mainProgram = "samblaster";
  24     maintainers = with maintainers; [ jbedo ];
  25     license = licenses.mit;
  26     homepage = "https://github.com/GregoryFaust/samblaster";
  27     platforms = platforms.x86_64;
  28   };
  29 }