pkgs/by-name/sa/salmon/package.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , boost
   4 , bzip2
   5 , cereal_1_3_2
   6 , cmake
   7 , curl
   8 , fetchFromGitHub
   9 , jemalloc
  10 , libgff
  11 , libiconv
  12 , libstaden-read
  13 , pkg-config
  14 , tbb_2021_11
  15 , xz
  16 , zlib
  17 }:
  18
  19 stdenv.mkDerivation (finalAttrs: {
  20   pname = "salmon";
  21   version = "1.10.3";
  22
  23   pufferFishSrc = fetchFromGitHub {
  24     owner = "COMBINE-lab";
  25     repo = "pufferfish";
  26     rev = "salmon-v${finalAttrs.version}";
  27     hash = "sha256-g4pfNuc620WQ7UDv8PQHVbbTVt78aGVqcHHMszmBIkA=";
  28   };
  29
  30   src = fetchFromGitHub {
  31     owner = "COMBINE-lab";
  32     repo = "salmon";
  33     rev = "v${finalAttrs.version}";
  34     hash = "sha256-HGcDqu0XzgrU3erHavigXCoj3VKk82ixMLY10Kk9MW4=";
  35   };
  36
  37   patches = [
  38     # Use pufferfish source fetched by nix
  39     ./fetch-pufferfish.patch
  40   ];
  41
  42   postPatch = "patchShebangs .";
  43
  44   buildInputs = [
  45     (boost.override { enableShared = false; enabledStatic = true; })
  46     bzip2
  47     cereal_1_3_2
  48     curl
  49     jemalloc
  50     libgff
  51     libstaden-read
  52     tbb_2021_11
  53     xz
  54     zlib
  55   ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ libiconv ];
  56
  57   nativeBuildInputs = [ cmake pkg-config ];
  58
  59   strictDeps = true;
  60
  61   meta = {
  62     description =
  63       "Tool for quantifying the expression of transcripts using RNA-seq data";
  64     mainProgram = "salmon";
  65     longDescription = ''
  66       Salmon is a tool for quantifying the expression of transcripts
  67       using RNA-seq data. Salmon uses new algorithms (specifically,
  68       coupling the concept of quasi-mapping with a two-phase inference
  69       procedure) to provide accurate expression estimates very quickly
  70       and while using little memory. Salmon performs its inference using
  71       an expressive and realistic model of RNA-seq data that takes into
  72       account experimental attributes and biases commonly observed in
  73       real RNA-seq data.
  74     '';
  75     homepage = "https://combine-lab.github.io/salmon";
  76     downloadPage = "https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases";
  77     changelog = "https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/tag/" +
  78                 "v${finalAttrs.version}";
  79     license = lib.licenses.gpl3Only;
  80     platforms = lib.platforms.all;
  81     maintainers = [ lib.maintainers.kupac ];
  82   };
  83 })