pkgs/by-name/ra/raxml/package.nix

   1 { lib, stdenv
   2 , fetchFromGitHub
   3 , useMpi ? false
   4 , mpi
   5 }:
   6
   7 stdenv.mkDerivation rec {
   8   pname = "RAxML${lib.optionalString useMpi "-mpi"}";
   9   version = "8.2.13";
  10
  11   src = fetchFromGitHub {
  12     owner = "stamatak";
  13     repo = "standard-RAxML";
  14     rev = "v${version}";
  15     sha256 = "sha256-w+Eqi0GhVira1H6ZnMNeZGBMzDjiGT7JSFpQEVXONyk=";
  16   };
  17
  18   buildInputs = lib.optionals useMpi [ mpi ];
  19
  20   # TODO darwin, AVX and AVX2 makefile targets
  21   buildPhase = if useMpi then ''
  22       make -f Makefile.MPI.gcc
  23     '' else ''
  24       make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc
  25     '';
  26
  27   installPhase = if useMpi then ''
  28     mkdir -p $out/bin && cp raxmlHPC-MPI $out/bin
  29   '' else ''
  30     mkdir -p $out/bin && cp raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 $out/bin
  31   '';
  32
  33   meta = with lib; {
  34     description = "Tool for Phylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies";
  35     license = licenses.gpl3;
  36     homepage = "https://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/";
  37     maintainers = [ maintainers.unode ];
  38     platforms = [ "i686-linux" "x86_64-linux" ];
  39   };
  40 }