pkgs/development/interpreters/nextflow/default.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , fetchurl
   4 , makeWrapper
   5 , openjdk17
   6 , wget
   7 , which
   8 , gnused
   9 , gawk
  10 , coreutils
  11 , buildFHSEnv
  12 }:
  13
  14 let
  15   nextflow =
  16 stdenv.mkDerivation rec {
  17   pname = "nextflow";
  18   version = "22.10.6";
  19
  20   src = fetchurl {
  21     url = "https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases/download/v${version}/nextflow-${version}-all";
  22     hash = "sha256-zeYsKxWRnzr0W6CD+yjoAXwCN/AbN5P4HhH1oftnrjY=";
  23   };
  24
  25   nativeBuildInputs = [
  26     makeWrapper
  27     openjdk17
  28     wget
  29     which
  30     gnused
  31     gawk
  32     coreutils
  33   ];
  34
  35   dontUnpack = true;
  36
  37   installPhase = ''
  38     runHook preInstall
  39
  40     mkdir -p $out/bin
  41     install -Dm755 $src $out/bin/nextflow
  42
  43     runHook postInstall
  44   '';
  45
  46   postFixup = ''
  47     wrapProgram $out/bin/nextflow \
  48       --prefix PATH : ${lib.makeBinPath nativeBuildInputs} \
  49       --set JAVA_HOME ${openjdk17.home}
  50   '';
  51
  52   meta = with lib; {
  53     description = "A DSL for data-driven computational pipelines";
  54     longDescription = ''
  55       Nextflow is a bioinformatics workflow manager that enables the development of portable and reproducible workflows.
  56
  57       It supports deploying workflows on a variety of execution platforms including local, HPC schedulers, AWS Batch, Google Cloud Life Sciences, and Kubernetes.
  58
  59       Additionally, it provides support for manage your workflow dependencies through built-in support for Conda, Docker, Singularity, and Modules.
  60     '';
  61     homepage = "https://www.nextflow.io/";
  62     changelog = "https://github.com/nextflow-io/nextflow/releases";
  63     license = licenses.asl20;
  64     maintainers = [ maintainers.Etjean ];
  65     mainProgram = "nextflow";
  66     platforms = platforms.unix;
  67   };
  68 };
  69 in
  70 if stdenv.isLinux then
  71   buildFHSEnv
  72   {
  73     name = "nextflow";
  74     targetPkgs = pkgs: [ nextflow ];
  75     runScript = "nextflow";
  76   }
  77 else nextflow