pkgs/development/python-modules/arviz/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , emcee
   5 , h5netcdf
   6 , matplotlib
   7 , netcdf4
   8 , numba
   9 , numpy
  10 , pandas
  11 , pytest
  12 , setuptools
  13 , cloudpickle
  14 , pytestCheckHook
  15 , scipy
  16 , packaging
  17 , typing-extensions
  18 , pythonOlder
  19 , xarray
  20 , xarray-einstats
  21 , zarr
  22 , ffmpeg
  23 , h5py
  24 , jaxlib
  25 , torchvision
  26 , jax
  27   # , pymc3 (circular dependency)
  28 , pyro-ppl
  29   #, pystan (not packaged)
  30 , numpyro
  31 , bokeh
  32 }:
  33
  34 buildPythonPackage rec {
  35   pname = "arviz";
  36   version = "0.16.1";
  37   pyproject = true;
  38
  39   disabled = pythonOlder "3.9";
  40
  41   src = fetchFromGitHub {
  42     owner = "arviz-devs";
  43     repo = "arviz";
  44     rev = "refs/tags/v${version}";
  45     hash = "sha256-kixWGj0M0flTq5rXSiPB0nfZaGYRvvMBGAJpehdW8KY=";
  46   };
  47
  48   propagatedBuildInputs = [
  49     h5netcdf
  50     matplotlib
  51     netcdf4
  52     numpy
  53     packaging
  54     pandas
  55     scipy
  56     setuptools
  57     xarray
  58     xarray-einstats
  59   ];
  60
  61   nativeCheckInputs = [
  62     cloudpickle
  63     emcee
  64     ffmpeg
  65     h5py
  66     jax
  67     jaxlib
  68     numba
  69     numpyro
  70     # pymc3 (circular dependency)
  71     pyro-ppl
  72     # pystan (not packaged)
  73     pytestCheckHook
  74     torchvision
  75     zarr
  76     bokeh
  77   ];
  78
  79   preCheck = ''
  80     export HOME=$(mktemp -d);
  81   '';
  82
  83   pytestFlagsArray = [
  84     "arviz/tests/base_tests/"
  85   ];
  86
  87   disabledTests = [
  88     # Tests require network access
  89     "test_plot_separation"
  90     "test_plot_trace_legend"
  91     "test_cov"
  92     # countourpy is not available at the moment
  93     "test_plot_kde"
  94     "test_plot_kde_2d"
  95     "test_plot_pair"
  96     # Array mismatch
  97     "test_plot_ts"
  98     # The following two tests fail in a common venv-based setup.
  99     # An issue has been opened upstream: https://github.com/arviz-devs/arviz/issues/2282
 100     "test_plot_ppc_discrete"
 101     "test_plot_ppc_discrete_save_animation"
 102     # Assertion error
 103     "test_data_zarr"
 104   ];
 105
 106   pythonImportsCheck = [
 107     "arviz"
 108   ];
 109
 110   meta = with lib; {
 111     description = "Library for exploratory analysis of Bayesian models";
 112     homepage = "https://arviz-devs.github.io/arviz/";
 113     changelog = "https://github.com/arviz-devs/arviz/blob/v${version}/CHANGELOG.md";
 114     license = licenses.asl20;
 115     maintainers = with maintainers; [ omnipotententity ];
 116   };
 117 }