pkgs/development/python-modules/scikit-survival/default.nix

   1 { stdenv
   2 , lib
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchPypi
   5 , cython
   6 , ecos
   7 , joblib
   8 , numexpr
   9 , numpy
  10 , osqp
  11 , pandas
  12 , setuptools-scm
  13 , scikit-learn
  14 , scipy
  15 , pytestCheckHook
  16 }:
  17
  18 buildPythonPackage rec {
  19   pname = "scikit-survival";
  20   version = "0.22.1";
  21   pyproject = true;
  22
  23   src = fetchPypi {
  24     inherit pname version;
  25     hash = "sha256-Ft0Hg5iF9Sb9VSOsFMgfAvc4Nsam216kzt5Xv2iykv8=";
  26   };
  27
  28   nativeBuildInputs = [
  29     cython
  30     setuptools-scm
  31   ];
  32
  33   propagatedBuildInputs = [
  34     ecos
  35     joblib
  36     numexpr
  37     numpy
  38     osqp
  39     pandas
  40     scikit-learn
  41     scipy
  42   ];
  43
  44   pythonImportsCheck = [ "sksurv" ];
  45
  46   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  47
  48   # treat numpy versions as lower bounds, same as setuptools build
  49   postPatch = ''
  50     sed -i 's/numpy==/numpy>=/' pyproject.toml
  51   '';
  52
  53   # Hack needed to make pytest + cython work
  54   # https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/82410#issuecomment-827186298
  55   preCheck = ''
  56     export HOME=$(mktemp -d)
  57     cp -r $TMP/$sourceRoot/tests $HOME
  58     pushd $HOME
  59   '';
  60   postCheck = "popd";
  61
  62   # very long tests, unnecessary for a leaf package
  63   disabledTests = [
  64     "test_coxph"
  65     "test_datasets"
  66     "test_ensemble_selection"
  67     "test_minlip"
  68     "test_pandas_inputs"
  69     "test_survival_svm"
  70     "test_tree"
  71   ] ++ lib.optional (stdenv.isDarwin && stdenv.isAarch64)
  72     # floating point mismatch on aarch64
  73     # 27079905.88052468 to far from 27079905.880496684
  74     "test_coxnet"
  75   ;
  76
  77   meta = with lib; {
  78     description = "Survival analysis built on top of scikit-learn";
  79     homepage = "https://github.com/sebp/scikit-survival";
  80     license = licenses.gpl3Only;
  81     maintainers = with maintainers; [ GuillaumeDesforges ];
  82   };
  83 }