pkgs/development/python-modules/arviz/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , dm-tree
   4 , fetchFromGitHub
   5 , emcee
   6 , h5netcdf
   7 , matplotlib
   8 , netcdf4
   9 , numba
  10 , numpy
  11 , pandas
  12 , setuptools
  13 , cloudpickle
  14 , pytestCheckHook
  15 , scipy
  16 , packaging
  17 , pythonOlder
  18 , typing-extensions
  19 , xarray
  20 , xarray-einstats
  21 , zarr
  22 , ffmpeg
  23 , h5py
  24 , jaxlib
  25 , torchvision
  26 , jax
  27   # , pymc3 (circular dependency)
  28 , pyro-ppl
  29   #, pystan (not packaged)
  30 , numpyro
  31 , bokeh
  32 }:
  33
  34 buildPythonPackage rec {
  35   pname = "arviz";
  36   version = "0.18.0";
  37   pyproject = true;
  38
  39   disabled = pythonOlder "3.10";
  40
  41   src = fetchFromGitHub {
  42     owner = "arviz-devs";
  43     repo = "arviz";
  44     rev = "refs/tags/v${version}";
  45     hash = "sha256-SZRqSqChQBSA9/jBXN2ds9hh6TI3qZksHai1j2oVsq0=";
  46   };
  47
  48   build-system = [
  49     packaging
  50     setuptools
  51   ];
  52
  53   dependencies = [
  54     dm-tree
  55     h5netcdf
  56     matplotlib
  57     netcdf4
  58     numpy
  59     pandas
  60     scipy
  61     typing-extensions
  62     xarray
  63     xarray-einstats
  64   ];
  65
  66   nativeCheckInputs = [
  67     cloudpickle
  68     emcee
  69     ffmpeg
  70     h5py
  71     jax
  72     jaxlib
  73     numba
  74     numpyro
  75     # pymc3 (circular dependency)
  76     pyro-ppl
  77     # pystan (not packaged)
  78     pytestCheckHook
  79     torchvision
  80     zarr
  81     bokeh
  82   ];
  83
  84   preCheck = ''
  85     export HOME=$(mktemp -d);
  86   '';
  87
  88   pytestFlagsArray = [
  89     "arviz/tests/base_tests/"
  90   ];
  91
  92   disabledTests = [
  93     # Tests require network access
  94     "test_plot_ppc_transposed"
  95     "test_plot_separation"
  96     "test_plot_trace_legend"
  97     "test_cov"
  98     # countourpy is not available at the moment
  99     "test_plot_kde"
 100     "test_plot_kde_2d"
 101     "test_plot_pair"
 102     # Array mismatch
 103     "test_plot_ts"
 104     # The following two tests fail in a common venv-based setup.
 105     # An issue has been opened upstream: https://github.com/arviz-devs/arviz/issues/2282
 106     "test_plot_ppc_discrete"
 107     "test_plot_ppc_discrete_save_animation"
 108     # Assertion error
 109     "test_data_zarr"
 110     "test_plot_forest"
 111   ];
 112
 113   pythonImportsCheck = [
 114     "arviz"
 115   ];
 116
 117   meta = with lib; {
 118     description = "Library for exploratory analysis of Bayesian models";
 119     homepage = "https://arviz-devs.github.io/arviz/";
 120     changelog = "https://github.com/arviz-devs/arviz/blob/v${version}/CHANGELOG.md";
 121     license = licenses.asl20;
 122     maintainers = with maintainers; [ omnipotententity ];
 123   };
 124 }