pkgs/development/python-modules/mne-python/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , setuptools
   5 , setuptools-scm
   6 , numpy
   7 , scipy
   8 , pytestCheckHook
   9 , pytest-timeout
  10 , pytest-harvest
  11 , matplotlib
  12 , decorator
  13 , jinja2
  14 , pooch
  15 , tqdm
  16 , packaging
  17 , importlib-resources
  18 , lazy-loader
  19 , h5io
  20 , pymatreader
  21 , pythonOlder
  22 }:
  23
  24 buildPythonPackage rec {
  25   pname = "mne-python";
  26   version = "1.6.1";
  27   pyproject = true;
  28
  29   disabled = pythonOlder "3.8";
  30
  31   src = fetchFromGitHub {
  32     owner = "mne-tools";
  33     repo = "mne-python";
  34     rev = "refs/tags/v${version}";
  35     hash = "sha256-U1aMqcUZ3BcwqwOYh/qfG5PhacwBVioAgNc52uaoJL0";
  36   };
  37
  38   postPatch = ''
  39     substituteInPlace pyproject.toml  \
  40       --replace "--cov-report=" ""  \
  41       --replace "--cov-branch" ""
  42   '';
  43
  44   nativeBuildInputs = [
  45     setuptools
  46     setuptools-scm
  47   ];
  48
  49   propagatedBuildInputs = [
  50     numpy
  51     scipy
  52     matplotlib
  53     tqdm
  54     pooch
  55     decorator
  56     packaging
  57     jinja2
  58     lazy-loader
  59   ] ++ lib.optionals (pythonOlder "3.9") [
  60     importlib-resources
  61   ];
  62
  63   passthru.optional-dependencies = {
  64     hdf5 = [
  65       h5io
  66       pymatreader
  67     ];
  68   };
  69
  70   nativeCheckInputs = [
  71     pytestCheckHook
  72     pytest-timeout
  73     pytest-harvest
  74   ] ++ lib.flatten (builtins.attrValues passthru.optional-dependencies);
  75
  76   preCheck = ''
  77     export HOME=$(mktemp -d)
  78     export MNE_SKIP_TESTING_DATASET_TESTS=true
  79     export MNE_SKIP_NETWORK_TESTS=1
  80   '';
  81
  82   pythonImportsCheck = [
  83     "mne"
  84   ];
  85
  86   meta = with lib; {
  87     description = "Magnetoencephelography and electroencephalography in Python";
  88     mainProgram = "mne";
  89     homepage = "https://mne.tools";
  90     changelog = "https://mne.tools/stable/changes/v${version}.html";
  91     license = licenses.bsd3;
  92     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin mbalatsko ];
  93   };
  94 }