pkgs/development/python-modules/primer3/default.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchFromGitHub
   5 , cython
   6 , gcc
   7 , click
   8 , pytestCheckHook
   9 , pythonOlder
  10 , setuptools
  11 }:
  12
  13 buildPythonPackage rec {
  14   pname = "primer3";
  15   version = "2.0.3";
  16   pyproject = true;
  17
  18   disabled = pythonOlder "3.7";
  19
  20   src = fetchFromGitHub {
  21     owner = "libnano";
  22     repo = "primer3-py";
  23     rev = "refs/tags/v${version}";
  24     hash = "sha256-O8BFjkjG9SfknSrK34s9EJnqTrtCf4zW9A+N+/MHl2w=";
  25   };
  26
  27   nativeBuildInputs = [
  28     cython
  29     setuptools
  30   ] ++ lib.optionals stdenv.isDarwin [
  31     gcc
  32   ];
  33
  34   nativeCheckInputs = [
  35     click
  36     pytestCheckHook
  37   ];
  38   # We are not sure why exactly this is need. It seems `pytestCheckHook`
  39   # doesn't find extension modules installed in $out/${python.sitePackages},
  40   # and the tests rely upon them. This was initially reported upstream at
  41   # https://github.com/libnano/primer3-py/issues/120 and we investigate this
  42   # downstream at: https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/255262.
  43   preCheck = ''
  44     python setup.py build_ext --inplace
  45   '';
  46
  47   pythonImportsCheck = [
  48     "primer3"
  49   ];
  50
  51   meta = with lib; {
  52     description = "Oligo analysis and primer design";
  53     homepage = "https://github.com/libnano/primer3-py";
  54     changelog = "https://github.com/libnano/primer3-py/blob/v${version}/CHANGES";
  55     license = with licenses; [ gpl2Only ];
  56     maintainers = with maintainers; [ fab ];
  57   };
  58 }