pkgs/development/python-modules/ripser/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , cython
   4 , fetchPypi
   5 , numpy
   6 , persim
   7 , pytestCheckHook
   8 , pythonOlder
   9 , scikit-learn
  10 , scipy
  11 }:
  12
  13 buildPythonPackage rec {
  14   pname = "ripser";
  15   version = "0.6.8";
  16   format = "setuptools";
  17
  18   disabled = pythonOlder "3.6";
  19
  20   src = fetchPypi {
  21     inherit pname version;
  22     hash = "sha256-J5ctOvGtmg/e2ls7fN59LR4AbHedC9gKk6f8jIDIoFI=";
  23   };
  24
  25   nativeBuildInputs = [
  26     cython
  27   ];
  28
  29   propagatedBuildInputs = [
  30     numpy
  31     scipy
  32     scikit-learn
  33     persim
  34   ];
  35
  36   nativeCheckInputs = [
  37     pytestCheckHook
  38   ];
  39
  40   preCheck = ''
  41     # specifically needed for darwin
  42     export HOME=$(mktemp -d)
  43     mkdir -p $HOME/.matplotlib
  44     echo "backend: ps" > $HOME/.matplotlib/matplotlibrc
  45   '';
  46
  47   pythonImportsCheck = [
  48     "ripser"
  49   ];
  50
  51   meta = with lib; {
  52     description = "A Lean Persistent Homology Library for Python";
  53     homepage = "https://ripser.scikit-tda.org";
  54     changelog = "https://github.com/scikit-tda/ripser.py/blob/${version}/CHANGELOG.md";
  55     license = licenses.mit;
  56     maintainers = with maintainers; [ ];
  57   };
  58 }