pkgs/development/python-modules/torchio/default.nix

   1 { stdenv
   2 , lib
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchFromGitHub
   5 , pytestCheckHook
   6 , pythonOlder
   7 , deprecated
   8 , humanize
   9 , matplotlib
  10 , nibabel
  11 , numpy
  12 , parameterized
  13 , scipy
  14 , simpleitk
  15 , torch
  16 , tqdm
  17 , typer
  18 }:
  19
  20 buildPythonPackage rec {
  21   pname = "torchio";
  22   version = "0.19.5";
  23   pyproject = true;
  24
  25   disabled = pythonOlder "3.8";
  26
  27   src = fetchFromGitHub {
  28     owner = "fepegar";
  29     repo = "torchio";
  30     rev = "refs/tags/v${version}";
  31     hash = "sha256-RqKJStUZhnSmsifn3WjYLfmRkkme+GOe6dp0E0MW9tE=";
  32   };
  33
  34   propagatedBuildInputs = [
  35     deprecated
  36     humanize
  37     nibabel
  38     numpy
  39     scipy
  40     simpleitk
  41     torch
  42     tqdm
  43     typer
  44   ] ++ typer.passthru.optional-dependencies.all;
  45
  46   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook matplotlib parameterized ];
  47   disabledTests = [
  48     # tries to download models:
  49     "test_load_all"
  50   ] ++ lib.optionals stdenv.isAarch64 [
  51     # RuntimeError: DataLoader worker (pid(s) <...>) exited unexpectedly
  52     "test_queue_multiprocessing"
  53   ];
  54   pythonImportsCheck = [
  55     "torchio"
  56     "torchio.data"
  57   ];
  58
  59   meta = with lib; {
  60     description = "Medical imaging toolkit for deep learning";
  61     homepage = "https://torchio.readthedocs.io";
  62     license = licenses.asl20;
  63     maintainers = [ maintainers.bcdarwin ];
  64   };
  65 }