pkgs/development/python-modules/gpy/default.nix

   1 { lib, stdenv
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchPypi
   4 , numpy
   5 , scipy
   6 , six
   7 , paramz
   8 , matplotlib
   9 , cython
  10 , nose
  11 }:
  12
  13 buildPythonPackage rec {
  14   pname = "GPy";
  15   version = "1.9.9";
  16
  17   src = fetchPypi {
  18     inherit pname version;
  19     sha256 = "04faf0c24eacc4dea60727c50a48a07ddf9b5751a3b73c382105e2a31657c7ed";
  20   };
  21
  22   buildInputs = [ cython ];
  23   propagatedBuildInputs = [ numpy scipy six paramz matplotlib ];
  24   checkInputs = [ nose ];
  25
  26   # $ nosetests GPy/testing/*.py
  27   # => Ran 483 tests in 112.146s (on 8 cores)
  28   # So instead, run shorter set of tests
  29   checkPhase = ''
  30     nosetests GPy/testing/linalg_test.py
  31   '';
  32
  33   # Rebuild cython-generated .c files since the included
  34   # ones were built with an older version of cython that is
  35   # incompatible with python3.9
  36   preBuild = ''
  37     for fn in $(find . -name '*.pyx'); do
  38       echo $fn | sed 's/\.\.pyx$/\.c/' | xargs ${cython}/bin/cython -3
  39     done
  40   '';
  41
  42   pythonImportsCheck = [
  43     "GPy"
  44   ];
  45
  46   meta = with lib; {
  47     description = "Gaussian process framework in Python";
  48     homepage = "https://sheffieldml.github.io/GPy";
  49     license = licenses.bsd3;
  50     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  51     broken = stdenv.isDarwin;  # See inscrutable error message here: https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/107653#issuecomment-751527547
  52   };
  53 }