pkgs/development/python-modules/h5py/default.nix

   1 { lib, fetchPypi, isPy27, python, buildPythonPackage, pythonOlder
   2 , numpy, hdf5, cython, six, pkgconfig, unittest2, fetchpatch
   3 , mpi4py ? null, openssh, pytestCheckHook, cached-property }:
   4
   5 assert hdf5.mpiSupport -> mpi4py != null && hdf5.mpi == mpi4py.mpi;
   6
   7 let
   8   mpi = hdf5.mpi;
   9   mpiSupport = hdf5.mpiSupport;
  10 in buildPythonPackage rec {
  11   version = "3.2.1";
  12   pname = "h5py";
  13   disabled = isPy27;
  14
  15   src = fetchPypi {
  16     inherit pname version;
  17     sha256 = "sha256-iUdL6RG/zbNMvw2YuOxItXjCeon9sa5O51E/HvjZJJ4=";
  18   };
  19
  20   # avoid strict pinning of numpy
  21   postPatch = ''
  22     substituteInPlace setup.py \
  23       --replace "numpy ==" "numpy >="
  24   '';
  25
  26   HDF5_DIR = "${hdf5}";
  27   HDF5_MPI = if mpiSupport then "ON" else "OFF";
  28
  29   postConfigure = ''
  30     # Needed to run the tests reliably. See:
  31     # https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/issues/87/multiple-test-errors-with-openmpi-30
  32     ${lib.optionalString mpiSupport "export OMPI_MCA_rmaps_base_oversubscribe=yes"}
  33   '';
  34
  35   preBuild = if mpiSupport then "export CC=${mpi}/bin/mpicc" else "";
  36
  37   # tests now require pytest-mpi, which isn't available and difficult to package
  38   doCheck = false;
  39   checkInputs = lib.optional isPy27 unittest2 ++ [ pytestCheckHook openssh ];
  40   nativeBuildInputs = [ pkgconfig cython ];
  41   buildInputs = [ hdf5 ]
  42     ++ lib.optional mpiSupport mpi;
  43   propagatedBuildInputs = [ numpy six]
  44     ++ lib.optionals mpiSupport [ mpi4py openssh ]
  45     ++ lib.optionals (pythonOlder "3.8") [ cached-property ];
  46
  47   pythonImportsCheck = [ "h5py" ];
  48
  49   meta = with lib; {
  50     description = "Pythonic interface to the HDF5 binary data format";
  51     homepage = "http://www.h5py.org/";
  52     license = licenses.bsd3;
  53     maintainers = [ ];
  54   };
  55 }