pkgs/development/python-modules/mne-python/default.nix

   1 { lib
   2 , buildPythonPackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , isPy27
   5 , numpy
   6 , scipy
   7 , pytestCheckHook
   8 , pytestcov
   9 , pytest-timeout
  10 , h5py
  11 , matplotlib
  12 , nibabel
  13 , pandas
  14 , scikitlearn
  15 }:
  16
  17 buildPythonPackage rec {
  18   pname = "mne-python";
  19   version = "0.21.2";
  20
  21   disabled = isPy27;
  22
  23   # PyPI dist insufficient to run tests
  24   src = fetchFromGitHub {
  25     owner = "mne-tools";
  26     repo = pname;
  27     rev = "v${version}";
  28     sha256 = "18nfdbkffmxzkkbp3d4w8r2kfi0sxip3hy997d3mx6dy74jc7nmg";
  29   };
  30
  31   propagatedBuildInputs = [ numpy scipy ];
  32
  33   # all tests pass, but Pytest hangs afterwards - probably some thread hasn't terminated
  34   doCheck = false;
  35   checkInputs = [
  36     pytestCheckHook
  37     pytestcov
  38     pytest-timeout
  39     h5py
  40     matplotlib
  41     nibabel
  42     pandas
  43     scikitlearn
  44   ];
  45   preCheck = ''
  46     export HOME=$TMP
  47     export MNE_SKIP_TESTING_DATASET_TESTS=true
  48     export MNE_SKIP_NETWORK_TESTS=1
  49   '';
  50
  51   pythonImportsCheck = [ "mne" ];
  52
  53   meta = with lib; {
  54     homepage = "https://mne.tools";
  55     description = "Magnetoencephelography and electroencephalography in Python";
  56     license = licenses.bsd3;
  57     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  58   };
  59 }