pkgs/development/python-modules/numpy/default.nix

   1 { lib
   2 , fetchPypi
   3 , python
   4 , buildPythonPackage
   5 , gfortran
   6 , hypothesis
   7 , pytest
   8 , blas
   9 , lapack
  10 , writeTextFile
  11 , isPyPy
  12 , cython
  13 , setuptoolsBuildHook
  14 , pythonOlder
  15 }:
  16
  17 assert (!blas.isILP64) && (!lapack.isILP64);
  18
  19 let
  20   cfg = writeTextFile {
  21     name = "site.cfg";
  22     text = (lib.generators.toINI {} {
  23       ${blas.implementation} = {
  24         include_dirs = "${lib.getDev blas}/include:${lib.getDev lapack}/include";
  25         library_dirs = "${blas}/lib:${lapack}/lib";
  26         runtime_library_dirs = "${blas}/lib:${lapack}/lib";
  27         libraries = "lapack,lapacke,blas,cblas";
  28       };
  29       lapack = {
  30         include_dirs = "${lib.getDev lapack}/include";
  31         library_dirs = "${lapack}/lib";
  32         runtime_library_dirs = "${lapack}/lib";
  33       };
  34       blas = {
  35         include_dirs = "${lib.getDev blas}/include";
  36         library_dirs = "${blas}/lib";
  37         runtime_library_dirs = "${blas}/lib";
  38       };
  39     });
  40   };
  41 in buildPythonPackage rec {
  42   pname = "numpy";
  43   version = "1.20.1";
  44   format = "pyproject.toml";
  45   disabled = pythonOlder "3.7";
  46
  47   src = fetchPypi {
  48     inherit pname version;
  49     extension = "zip";
  50     sha256 = "02m6sms6wb4flfg8y4h0msan4y7w7qgfqxhdk21lcabhm2339iiv";
  51   };
  52
  53   patches = lib.optionals python.hasDistutilsCxxPatch [
  54     # We patch cpython/distutils to fix https://bugs.python.org/issue1222585
  55     # Patching of numpy.distutils is needed to prevent it from undoing the
  56     # patch to distutils.
  57     ./numpy-distutils-C++.patch
  58   ];
  59
  60   nativeBuildInputs = [ gfortran cython setuptoolsBuildHook ];
  61   buildInputs = [ blas lapack ];
  62
  63   # we default openblas to build with 64 threads
  64   # if a machine has more than 64 threads, it will segfault
  65   # see https://github.com/xianyi/OpenBLAS/issues/2993
  66   preConfigure = ''
  67     sed -i 's/-faltivec//' numpy/distutils/system_info.py
  68     export NPY_NUM_BUILD_JOBS=$NIX_BUILD_CORES
  69     export OMP_NUM_THREADS=$((NIX_BUILD_CORES > 64 ? 64 : NIX_BUILD_CORES))
  70   '';
  71
  72   preBuild = ''
  73     ln -s ${cfg} site.cfg
  74   '';
  75
  76   enableParallelBuilding = true;
  77
  78   doCheck = !isPyPy; # numpy 1.16+ hits a bug in pypy's ctypes, using either numpy or pypy HEAD fixes this (https://github.com/numpy/numpy/issues/13807)
  79
  80   checkInputs = [
  81     pytest
  82     hypothesis
  83   ];
  84
  85   checkPhase = ''
  86     runHook preCheck
  87     pushd dist
  88     ${python.interpreter} -c 'import numpy; numpy.test("fast", verbose=10)'
  89     popd
  90     runHook postCheck
  91   '';
  92
  93   passthru = {
  94     # just for backwards compatibility
  95     blas = blas.provider;
  96     blasImplementation = blas.implementation;
  97     inherit cfg;
  98   };
  99
 100   # Disable test
 101   # - test_large_file_support: takes a long time and can cause the machine to run out of disk space
 102   NOSE_EXCLUDE="test_large_file_support";
 103
 104   meta = {
 105     description = "Scientific tools for Python";
 106     homepage = "https://numpy.org/";
 107     license = lib.licenses.bsd3;
 108     maintainers = with lib.maintainers; [ fridh ];
 109   };
 110 }