pkgs/development/r-modules/default.nix

   1 /* This file defines the composition for R packages. */
   2
   3 let
   4   importJSON = f: builtins.fromJSON (builtins.readFile f);
   5
   6   biocPackagesGenerated =  importJSON ./bioc-packages.json;
   7   biocAnnotationPackagesGenerated = importJSON ./bioc-annotation-packages.json;
   8   biocExperimentPackagesGenerated = importJSON ./bioc-experiment-packages.json;
   9   cranPackagesGenerated = importJSON ./cran-packages.json;
  10 in
  11
  12 { R, pkgs, overrides }:
  13
  14 let
  15   inherit (pkgs) cacert fetchurl stdenv lib;
  16
  17   buildRPackage = pkgs.callPackage ./generic-builder.nix {
  18     inherit R;
  19     inherit (pkgs.darwin.apple_sdk.frameworks) Cocoa Foundation;
  20     inherit (pkgs) gettext gfortran;
  21   };
  22
  23   # Generates package templates given per-repository settings
  24   #
  25   # some packages, e.g. cncaGUI, require X running while installation,
  26   # so that we use xvfb-run if requireX is true.
  27   mkDerive = {mkHomepage, mkUrls, hydraPlatforms ? null}: args:
  28     let hydraPlatforms' = hydraPlatforms; in
  29       lib.makeOverridable ({
  30         name, version, sha256,
  31         depends ? [],
  32         doCheck ? true,
  33         requireX ? false,
  34         broken ? false,
  35         platforms ? R.meta.platforms,
  36         hydraPlatforms ? if hydraPlatforms' != null then hydraPlatforms' else platforms,
  37         maintainers ? []
  38       }: buildRPackage {
  39     name = "${name}-${version}";
  40     src = fetchurl {
  41       inherit sha256;
  42       urls = mkUrls (args // { inherit name version; });
  43     };
  44     inherit doCheck requireX;
  45     propagatedBuildInputs = depends;
  46     nativeBuildInputs = depends;
  47     meta.homepage = mkHomepage (args // { inherit name; });
  48     meta.platforms = platforms;
  49     meta.hydraPlatforms = hydraPlatforms;
  50     meta.broken = broken;
  51     meta.maintainers = maintainers;
  52   });
  53
  54   # Templates for generating Bioconductor and CRAN packages
  55   # from the name, version, sha256, and optional per-package arguments above
  56   #
  57   deriveBioc = mkDerive {
  58     mkHomepage = {name, biocVersion}: "https://bioconductor.org/packages/${biocVersion}/bioc/html/${name}.html";
  59     mkUrls = {name, version, biocVersion}: [
  60       "mirror://bioc/${biocVersion}/bioc/src/contrib/${name}_${version}.tar.gz"
  61       "mirror://bioc/${biocVersion}/bioc/src/contrib/Archive/${name}/${name}_${version}.tar.gz"
  62       "mirror://bioc/${biocVersion}/bioc/src/contrib/Archive/${name}_${version}.tar.gz"
  63     ];
  64   };
  65   deriveBiocAnn = mkDerive {
  66     mkHomepage = {name, ...}: "http://www.bioconductor.org/packages/${name}.html";
  67     mkUrls = {name, version, biocVersion}: [
  68       "mirror://bioc/${biocVersion}/data/annotation/src/contrib/${name}_${version}.tar.gz"
  69     ];
  70     hydraPlatforms = [];
  71   };
  72   deriveBiocExp = mkDerive {
  73     mkHomepage = {name, ...}: "http://www.bioconductor.org/packages/${name}.html";
  74     mkUrls = {name, version, biocVersion}: [
  75       "mirror://bioc/${biocVersion}/data/experiment/src/contrib/${name}_${version}.tar.gz"
  76     ];
  77     hydraPlatforms = [];
  78   };
  79   deriveCran = mkDerive {
  80     mkHomepage = {name}: "https://cran.r-project.org/web/packages/${name}/";
  81     mkUrls = {name, version}: [
  82       "mirror://cran/${name}_${version}.tar.gz"
  83       "mirror://cran/Archive/${name}/${name}_${version}.tar.gz"
  84     ];
  85   };
  86
  87   # Overrides package definitions with nativeBuildInputs.
  88   # For example,
  89   #
  90   # overrideNativeBuildInputs {
  91   #   foo = [ pkgs.bar ]
  92   # } old
  93   #
  94   # results in
  95   #
  96   # {
  97   #   foo = old.foo.overrideAttrs (attrs: {
  98   #     nativeBuildInputs = attrs.nativeBuildInputs ++ [ pkgs.bar ];
  99   #   });
 100   # }
 101   overrideNativeBuildInputs = overrides: old:
 102     lib.mapAttrs (name: value:
 103       (builtins.getAttr name old).overrideAttrs (attrs: {
 104         nativeBuildInputs = attrs.nativeBuildInputs ++ value;
 105       })
 106     ) overrides;
 107
 108   # Overrides package definitions with buildInputs.
 109   # For example,
 110   #
 111   # overrideBuildInputs {
 112   #   foo = [ pkgs.bar ]
 113   # } old
 114   #
 115   # results in
 116   #
 117   # {
 118   #   foo = old.foo.overrideAttrs (attrs: {
 119   #     buildInputs = attrs.buildInputs ++ [ pkgs.bar ];
 120   #   });
 121   # }
 122   overrideBuildInputs = overrides: old:
 123     lib.mapAttrs (name: value:
 124       (builtins.getAttr name old).overrideAttrs (attrs: {
 125         buildInputs = attrs.buildInputs ++ value;
 126       })
 127     ) overrides;
 128
 129   # Overrides package definitions with maintainers.
 130   # For example,
 131   #
 132   # overrideMaintainers {
 133   #   foo = [ lib.maintainers.jsmith ]
 134   # } old
 135   #
 136   # results in
 137   #
 138   # {
 139   #   foo = old.foo.override {
 140   #     maintainers = [ lib.maintainers.jsmith ];
 141   #   };
 142   # }
 143   overrideMaintainers = overrides: old:
 144     lib.mapAttrs (name: value:
 145       (builtins.getAttr name old).override {
 146         maintainers = value;
 147       }) overrides;
 148
 149   # Overrides package definitions with new R dependencies.
 150   # For example,
 151   #
 152   # overrideRDepends {
 153   #   foo = [ self.bar ]
 154   # } old
 155   #
 156   # results in
 157   #
 158   # {
 159   #   foo = old.foo.overrideAttrs (attrs: {
 160   #     nativeBuildInputs = attrs.nativeBuildInputs ++ [ self.bar ];
 161   #     propagatedNativeBuildInputs = attrs.propagatedNativeBuildInputs ++ [ self.bar ];
 162   #   });
 163   # }
 164   overrideRDepends = overrides: old:
 165     lib.mapAttrs (name: value:
 166       (builtins.getAttr name old).overrideAttrs (attrs: {
 167         nativeBuildInputs = (attrs.nativeBuildInputs or []) ++ value;
 168         propagatedNativeBuildInputs = (attrs.propagatedNativeBuildInputs or []) ++ value;
 169       })
 170     ) overrides;
 171
 172   # Overrides package definition requiring X running to install.
 173   # For example,
 174   #
 175   # overrideRequireX [
 176   #   "foo"
 177   # ] old
 178   #
 179   # results in
 180   #
 181   # {
 182   #   foo = old.foo.override {
 183   #     requireX = true;
 184   #   };
 185   # }
 186   overrideRequireX = packageNames: old:
 187     let
 188       nameValuePairs = map (name: {
 189         inherit name;
 190         value = (builtins.getAttr name old).override {
 191           requireX = true;
 192         };
 193       }) packageNames;
 194     in
 195       builtins.listToAttrs nameValuePairs;
 196
 197   # Overrides package definition requiring a home directory to install or to
 198   # run tests.
 199   # For example,
 200   #
 201   # overrideRequireHome [
 202   #   "foo"
 203   # ] old
 204   #
 205   # results in
 206   #
 207   # {
 208   #   foo = old.foo.overrideAttrs (oldAttrs:  {
 209   #     preInstall = ''
 210   #       ${oldAttrs.preInstall or ""}
 211   #       export HOME=$(mktemp -d)
 212   #     '';
 213   #   });
 214   # }
 215   overrideRequireHome = packageNames: old:
 216     let
 217       nameValuePairs = map (name: {
 218         inherit name;
 219         value = (builtins.getAttr name old).overrideAttrs (oldAttrs: {
 220           preInstall = ''
 221             ${oldAttrs.preInstall or ""}
 222             export HOME=$(mktemp -d)
 223           '';
 224         });
 225       }) packageNames;
 226     in
 227       builtins.listToAttrs nameValuePairs;
 228
 229   # Overrides package definition to skip check.
 230   # For example,
 231   #
 232   # overrideSkipCheck [
 233   #   "foo"
 234   # ] old
 235   #
 236   # results in
 237   #
 238   # {
 239   #   foo = old.foo.override {
 240   #     doCheck = false;
 241   #   };
 242   # }
 243   overrideSkipCheck = packageNames: old:
 244     let
 245       nameValuePairs = map (name: {
 246         inherit name;
 247         value = (builtins.getAttr name old).override {
 248           doCheck = false;
 249         };
 250       }) packageNames;
 251     in
 252       builtins.listToAttrs nameValuePairs;
 253
 254   # Overrides package definition to mark it broken.
 255   # For example,
 256   #
 257   # overrideBroken [
 258   #   "foo"
 259   # ] old
 260   #
 261   # results in
 262   #
 263   # {
 264   #   foo = old.foo.override {
 265   #     broken = true;
 266   #   };
 267   # }
 268   overrideBroken = packageNames: old:
 269     let
 270       nameValuePairs = map (name: {
 271         inherit name;
 272         value = (builtins.getAttr name old).override {
 273           broken = true;
 274         };
 275       }) packageNames;
 276     in
 277       builtins.listToAttrs nameValuePairs;
 278
 279   defaultOverrides = old: new:
 280     let old0 = old; in
 281     let
 282       old1 = old0 // (overrideRequireX packagesRequiringX old0);
 283       old2 = old1 // (overrideRequireHome packagesRequiringHome old1);
 284       old3 = old2 // (overrideSkipCheck packagesToSkipCheck old2);
 285       old4 = old3 // (overrideRDepends packagesWithRDepends old3);
 286       old5 = old4 // (overrideNativeBuildInputs packagesWithNativeBuildInputs old4);
 287       old6 = old5 // (overrideBuildInputs packagesWithBuildInputs old5);
 288       old7 = old6 // (overrideBroken brokenPackages old6);
 289       old8 = old7 // (overrideMaintainers packagesWithMaintainers old7);
 290       old = old8;
 291     in old // (otherOverrides old new);
 292
 293   # Recursive override pattern.
 294   # `_self` is a collection of packages;
 295   # `self` is `_self` with overridden packages;
 296   # packages in `_self` may depends on overridden packages.
 297   self = (defaultOverrides _self self) // overrides;
 298   _self = { inherit buildRPackage; } //
 299           mkPackageSet deriveBioc biocPackagesGenerated //
 300           mkPackageSet deriveBiocAnn biocAnnotationPackagesGenerated //
 301           mkPackageSet deriveBiocExp biocExperimentPackagesGenerated //
 302           mkPackageSet deriveCran cranPackagesGenerated;
 303
 304   # Takes in a generated JSON file's imported contents
 305   # and transforms it by swapping each element of the depends array with the dependency's derivation
 306   # and passing this new object to the provided derive function
 307   mkPackageSet = derive: packagesJSON: lib.mapAttrs (
 308     k: v: derive packagesJSON.extraArgs (v // { depends = lib.map (name: builtins.getAttr name self) v.depends; })
 309   ) packagesJSON.packages;
 310
 311
 312   # tweaks for the individual packages and "in self" follow
 313
 314   packagesWithMaintainers = with lib.maintainers; {
 315     data_table = [ jbedo ];
 316     BiocManager = [ jbedo ];
 317     ggplot2 = [ jbedo ];
 318     svaNUMT = [ jbedo ];
 319     svaRetro = [ jbedo ];
 320     StructuralVariantAnnotation = [ jbedo ];
 321     RQuantLib = [ kupac ];
 322   };
 323
 324   packagesWithRDepends = {
 325     spectralGraphTopology = [ self.CVXR ];
 326     FactoMineR = [ self.car ];
 327     pander = [ self.codetools ];
 328     rmsb = [ self.rstantools ];
 329     gastempt = [ self.rstantools ];
 330     interactiveDisplay = [ self.BiocManager ];
 331     disbayes = [ self.rstantools ];
 332     tipsae = [ self.rstantools ];
 333     TriDimRegression = [ self.rstantools ];
 334     bbmix = [ self.rstantools ];
 335   };
 336
 337   packagesWithNativeBuildInputs = {
 338     adbcpostgresql = [ pkgs.postgresql ];
 339     adimpro = [ pkgs.imagemagick ];
 340     animation = [ pkgs.which ];
 341     Apollonius = with pkgs; [ pkg-config gmp.dev mpfr.dev ];
 342     arrow = with pkgs; [ pkg-config cmake ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ intltool ];
 343     audio = [ pkgs.portaudio ];
 344     BayesSAE = [ pkgs.gsl ];
 345     BayesVarSel = [ pkgs.gsl ];
 346     BayesXsrc = with pkgs; [ readline.dev ncurses gsl ];
 347     bioacoustics = [ pkgs.fftw.dev pkgs.cmake ];
 348     bigGP = [ pkgs.mpi ];
 349     bigrquerystorage = with pkgs; [ grpc protobuf which ];
 350     bio3d = [ pkgs.zlib ];
 351     BiocCheck = [ pkgs.which ];
 352     Biostrings = [ pkgs.zlib ];
 353     CellBarcode = [ pkgs.zlib ];
 354     cld3 = [ pkgs.protobuf ];
 355     bnpmr = [ pkgs.gsl ];
 356     caviarpd = [ pkgs.cargo ];
 357     cairoDevice = [ pkgs.gtk2.dev ];
 358     Cairo = with pkgs; [ libtiff libjpeg cairo.dev xorg.libXt.dev fontconfig.lib ];
 359     Cardinal = [ pkgs.which ];
 360     chebpol = [ pkgs.fftw.dev ];
 361     ChemmineOB = [ pkgs.pkg-config ];
 362     interpolation = [ pkgs.pkg-config ];
 363     clarabel = [ pkgs.cargo ];
 364     curl = [ pkgs.curl.dev ];
 365     CytoML = [ pkgs.libxml2.dev ];
 366     data_table = with pkgs; [ pkg-config zlib.dev ] ++ lib.optional stdenv.hostPlatform.isDarwin pkgs.llvmPackages.openmp;
 367     devEMF = with pkgs; [ xorg.libXft.dev ];
 368     diversitree = with pkgs; [ gsl fftw ];
 369     exactextractr = [ pkgs.geos ];
 370     EMCluster = [ pkgs.lapack ];
 371     fangs = [ pkgs.cargo ];
 372     fcl = [ pkgs.cargo ];
 373     fftw = [ pkgs.fftw.dev ];
 374     fftwtools = with pkgs; [ fftw.dev pkg-config ];
 375     fingerPro = [ pkgs.gsl ];
 376     Formula = [ pkgs.gmp ];
 377     frailtyMMpen = [ pkgs.gsl ];
 378     gamstransfer = [ pkgs.zlib ];
 379     gdalraster = [ pkgs.pkg-config ];
 380     gdtools = with pkgs; [ cairo.dev fontconfig.lib freetype.dev ];
 381     GeneralizedWendland = [ pkgs.gsl ];
 382     ggiraph = with pkgs; [ pkgs.libpng.dev ];
 383     git2r = with pkgs; [ zlib.dev openssl.dev libssh2.dev libgit2 pkg-config ];
 384     GLAD = [ pkgs.gsl ];
 385     glpkAPI = with pkgs; [ gmp glpk ];
 386     gmp = [ pkgs.gmp.dev ];
 387     GPBayes = [ pkgs.gsl ];
 388     graphscan = [ pkgs.gsl ];
 389     gsl = [ pkgs.gsl ];
 390     gslnls = [ pkgs.gsl ];
 391     gert = [ pkgs.libgit2 ];
 392     haven = with pkgs; [ zlib.dev ];
 393     hellorust = [ pkgs.cargo ];
 394     hgwrr = [ pkgs.gsl ];
 395     h5vc = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev xz.dev ];
 396     yyjsonr = with pkgs; [ zlib.dev ];
 397     RNifti = with pkgs; [ zlib.dev ];
 398     RNiftyReg = with pkgs; [ zlib.dev ];
 399     highs = [ pkgs.which pkgs.cmake ];
 400     crc32c = [ pkgs.which pkgs.cmake ];
 401     rbedrock = [ pkgs.zlib.dev pkgs.which pkgs.cmake ];
 402     HiCseg = [ pkgs.gsl ];
 403     imager = [ pkgs.xorg.libX11.dev ];
 404     imbibe = [ pkgs.zlib.dev ];
 405     image_CannyEdges = with pkgs; [ fftw.dev libpng.dev ];
 406     iBMQ = [ pkgs.gsl ];
 407     jack = [ pkgs.pkg-config ];
 408     JavaGD = [ pkgs.jdk ];
 409     jpeg = [ pkgs.libjpeg.dev ];
 410     jqr = [ pkgs.jq.dev ];
 411     KFKSDS = [ pkgs.gsl ];
 412     KSgeneral = with pkgs; [ pkg-config ];
 413     kza = [ pkgs.fftw.dev ];
 414     leidenAlg = [ pkgs.gmp.dev ];
 415     Libra = [ pkgs.gsl ];
 416     libstable4u = [ pkgs.gsl ];
 417     heck = [ pkgs.cargo ];
 418     LOMAR = [ pkgs.gmp.dev ];
 419     littler = [ pkgs.libdeflate ];
 420     lpsymphony = with pkgs; [ pkg-config gfortran gettext ];
 421     lwgeom = with pkgs; [ proj geos gdal ];
 422     rsbml = [ pkgs.pkg-config ];
 423     rvg = [ pkgs.libpng.dev ];
 424     MAGEE = [ pkgs.zlib.dev pkgs.bzip2.dev ];
 425     magick = [ pkgs.imagemagick.dev ];
 426     ModelMetrics = lib.optional stdenv.hostPlatform.isDarwin pkgs.llvmPackages.openmp;
 427     mvabund = [ pkgs.gsl ];
 428     mwaved = [ pkgs.fftw.dev ];
 429     mzR = with pkgs; [ zlib netcdf ];
 430     nanonext = with pkgs; [ mbedtls nng ];
 431     ncdf4 = [ pkgs.netcdf ];
 432     neojags = [ pkgs.jags ];
 433     nloptr = with pkgs; [ nlopt pkg-config ];
 434     n1qn1 = [ pkgs.gfortran ];
 435     odbc = [ pkgs.unixODBC ];
 436     opencv = [ pkgs.pkg-config ];
 437     pak = [ pkgs.curl.dev ];
 438     pander = with pkgs; [ pandoc which ];
 439     pbdMPI = [ pkgs.mpi ];
 440     pbdPROF = [ pkgs.mpi ];
 441     pbdZMQ = [ pkgs.pkg-config ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ pkgs.which ];
 442     pcaL1 = [ pkgs.pkg-config pkgs.clp ];
 443     pdftools = [ pkgs.poppler.dev ];
 444     PEPBVS = [ pkgs.gsl ];
 445     phytools = [ pkgs.which ];
 446     PKI = [ pkgs.openssl.dev ];
 447     png = [ pkgs.libpng.dev ];
 448     protolite = [ pkgs.protobuf ];
 449     R2SWF = with pkgs; [ zlib libpng freetype.dev ];
 450     RAppArmor = [ pkgs.libapparmor ];
 451     rapportools = [ pkgs.which ];
 452     rapport = [ pkgs.which ];
 453     rcdd = [ pkgs.gmp.dev ];
 454     RcppCNPy = [ pkgs.zlib.dev ];
 455     RcppGSL = [ pkgs.gsl ];
 456     RcppZiggurat = [ pkgs.gsl ];
 457     reprex = [ pkgs.which ];
 458     rgdal = with pkgs; [ proj.dev gdal ];
 459     Rhisat2 = [ pkgs.which pkgs.hostname ];
 460     gdalcubes = [ pkgs.pkg-config ];
 461     rgeos = [ pkgs.geos ];
 462     Rglpk = [ pkgs.glpk ];
 463     RGtk2 = [ pkgs.gtk2.dev ];
 464     rhdf5 = [ pkgs.zlib ];
 465     Rhdf5lib = with pkgs; [ zlib.dev ];
 466     Rhpc = with pkgs; [ zlib bzip2.dev icu xz.dev mpi pcre.dev ];
 467     Rhtslib = with pkgs; [ zlib.dev automake autoconf bzip2.dev xz.dev curl.dev ];
 468     rjags = [ pkgs.jags ];
 469     rJava = with pkgs; [ zlib bzip2.dev icu xz.dev pcre.dev jdk libzip libdeflate ];
 470     Rlibeemd = [ pkgs.gsl ];
 471     rmatio = [ pkgs.zlib.dev pkgs.pkg-config ];
 472     Rmpfr = with pkgs; [ gmp mpfr.dev ];
 473     Rmpi = [ pkgs.mpi ];
 474     RMySQL = with pkgs; [ zlib libmysqlclient openssl.dev ];
 475     RNetCDF = with pkgs; [ netcdf udunits ];
 476     RODBC = [ pkgs.libiodbc ];
 477     rpanel = [ pkgs.tclPackages.bwidget ];
 478     Rpoppler = [ pkgs.poppler ];
 479     RPostgres = with pkgs; [ postgresql ];
 480     RPostgreSQL = with pkgs; [ postgresql postgresql ];
 481     RProtoBuf = [ pkgs.protobuf ];
 482     RSclient = [ pkgs.openssl.dev ];
 483     Rserve = [ pkgs.openssl ];
 484     Rssa = [ pkgs.fftw.dev ];
 485     rsvg = [ pkgs.pkg-config ];
 486     runjags = [ pkgs.jags ];
 487     xslt = [ pkgs.pkg-config ];
 488     RVowpalWabbit = with pkgs; [ zlib.dev boost ];
 489     rzmq = with pkgs; [ zeromq pkg-config ];
 490     httpuv = [ pkgs.zlib.dev ];
 491     clustermq = [ pkgs.zeromq ];
 492     SAVE = with pkgs; [ zlib bzip2 icu xz pcre ];
 493     salso = [ pkgs.cargo ];
 494     ymd = [ pkgs.cargo ];
 495     arcpbf = [ pkgs.cargo ];
 496     sdcTable = with pkgs; [ gmp glpk ];
 497     seewave = with pkgs; [ fftw.dev libsndfile.dev ];
 498     seqinr = [ pkgs.zlib.dev ];
 499     smcryptoR = with pkgs; [ cargo rustc which ];
 500     webp = [ pkgs.pkg-config ];
 501     seqminer = with pkgs; [ zlib.dev bzip2 ];
 502     sf = with pkgs; [ gdal proj geos libtiff curl ];
 503     strawr = with pkgs; [ curl.dev ];
 504     string2path = [ pkgs.cargo ];
 505     terra = with pkgs; [ gdal proj geos ];
 506     tok = [ pkgs.cargo ];
 507     rshift = [ pkgs.cargo ];
 508     arcgisutils = with pkgs; [ cargo rustc ];
 509     arcgisgeocode = with pkgs; [ cargo rustc ];
 510     arcgisplaces = with pkgs; [ pkg-config openssl.dev cargo rustc ];
 511     apcf = with pkgs; [ geos ];
 512     SemiCompRisks = [ pkgs.gsl ];
 513     showtext = with pkgs; [ zlib libpng icu freetype.dev ];
 514     simplexreg = [ pkgs.gsl ];
 515     spate = [ pkgs.fftw.dev ];
 516     ssanv = [ pkgs.proj ];
 517     stsm = [ pkgs.gsl ];
 518     stringi = [ pkgs.icu.dev ];
 519     survSNP = [ pkgs.gsl ];
 520     svglite = [ pkgs.libpng.dev ];
 521     sysfonts = with pkgs; [ zlib libpng freetype.dev ];
 522     systemfonts = with pkgs; [ fontconfig.dev freetype.dev ];
 523     TAQMNGR = [ pkgs.zlib.dev ];
 524     TDA = [ pkgs.gmp ];
 525     tesseract = with pkgs; [ tesseract leptonica ];
 526     tiff = [ pkgs.libtiff.dev ];
 527     tkrplot = with pkgs; [ xorg.libX11 tk.dev ];
 528     topicmodels = [ pkgs.gsl ];
 529     udunits2 = with pkgs; [ udunits expat ];
 530     units = [ pkgs.udunits ];
 531     unigd = [ pkgs.pkg-config ];
 532     vdiffr = [ pkgs.libpng.dev ];
 533     V8 = [ pkgs.nodejs.libv8 ];
 534     XBRL = with pkgs; [ zlib libxml2.dev ];
 535     XLConnect = [ pkgs.jdk ];
 536     xml2 = [ pkgs.libxml2.dev ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ pkgs.perl ];
 537     XML = with pkgs; [ libtool libxml2.dev xmlsec libxslt ];
 538     affyPLM = [ pkgs.zlib.dev ];
 539     BitSeq = [ pkgs.zlib.dev ];
 540     DiffBind = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev ];
 541     ShortRead = [ pkgs.zlib.dev ];
 542     oligo = [ pkgs.zlib.dev ];
 543     gmapR = [ pkgs.zlib.dev ];
 544     Rsubread = [ pkgs.zlib.dev ];
 545     XVector = [ pkgs.zlib.dev ];
 546     Rsamtools = with pkgs; [ zlib.dev curl.dev bzip2 xz ];
 547     rtracklayer = with pkgs; [ zlib.dev curl.dev ];
 548     affyio = [ pkgs.zlib.dev ];
 549     snpStats = [ pkgs.zlib.dev ];
 550     vcfppR = [ pkgs.curl.dev pkgs.bzip2 pkgs.zlib.dev pkgs.xz];
 551     httpgd = with pkgs; [ cairo.dev ];
 552     SymTS = [ pkgs.gsl ];
 553     VBLPCM = [ pkgs.gsl ];
 554     dynr = [ pkgs.gsl ];
 555     mixlink = [ pkgs.gsl ];
 556     ridge = [ pkgs.gsl ];
 557     smam = [ pkgs.gsl ];
 558     rnetcarto = [ pkgs.gsl ];
 559     rGEDI = [ pkgs.gsl ];
 560     mmpca = [ pkgs.gsl ];
 561     monoreg = [ pkgs.gsl ];
 562     mvst = [ pkgs.gsl ];
 563     mixture = [ pkgs.gsl ];
 564     jSDM = [ pkgs.gsl ];
 565     immunoClust = [ pkgs.gsl ];
 566     hSDM = [ pkgs.gsl ];
 567     flowPeaks = [ pkgs.gsl ];
 568     fRLR = [ pkgs.gsl ];
 569     eaf = [ pkgs.gsl ];
 570     diseq = [ pkgs.gsl ];
 571     cit = [ pkgs.gsl ];
 572     abn = [ pkgs.gsl ];
 573     SimInf = [ pkgs.gsl ];
 574     RJMCMCNucleosomes = [ pkgs.gsl ];
 575     RDieHarder = [ pkgs.gsl ];
 576     QF = [ pkgs.gsl ];
 577     PICS = [ pkgs.gsl ];
 578     RationalMatrix = [ pkgs.pkg-config pkgs.gmp.dev];
 579     RcppCWB = [ pkgs.pkg-config pkgs.pcre2 ];
 580     redux = [ pkgs.pkg-config ];
 581     rswipl = with pkgs; [ cmake pkg-config ];
 582     rrd = [ pkgs.pkg-config ];
 583     surveyvoi = [ pkgs.pkg-config ];
 584     Rbwa = [ pkgs.zlib.dev ];
 585     trackViewer = [ pkgs.zlib.dev ];
 586     themetagenomics = [ pkgs.zlib.dev ];
 587     Rsymphony = [ pkgs.pkg-config ];
 588     NanoMethViz = [ pkgs.zlib.dev ];
 589     RcppMeCab = [ pkgs.pkg-config ];
 590     HilbertVisGUI = with pkgs; [ pkg-config which ];
 591     textshaping = [ pkgs.pkg-config ];
 592     ragg = [ pkgs.pkg-config ];
 593     qqconf = [ pkgs.pkg-config ];
 594     qspray = [ pkgs.pkg-config ];
 595     ratioOfQsprays = [ pkgs.pkg-config ];
 596     symbolicQspray = [ pkgs.pkg-config ];
 597     sphereTessellation = [ pkgs.pkg-config ];
 598     vapour = [ pkgs.pkg-config ];
 599   };
 600
 601   packagesWithBuildInputs = {
 602     # sort -t '=' -k 2
 603     asciicast = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev icu.dev libdeflate ];
 604     island = [ pkgs.gsl.dev ];
 605     svKomodo = [ pkgs.which ];
 606     ulid = [ pkgs.zlib.dev ];
 607     unrtf = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev icu.dev libdeflate ];
 608     nat = [ pkgs.which ];
 609     nat_templatebrains = [ pkgs.which ];
 610     pbdZMQ = [ pkgs.zeromq ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [ pkgs.darwin.binutils ];
 611     bigmemory = lib.optionals stdenv.hostPlatform.isLinux [ pkgs.libuuid.dev ];
 612     bayesWatch = [ pkgs.boost.dev ];
 613     clustermq = [  pkgs.pkg-config ];
 614     coga = [ pkgs.gsl.dev ];
 615     mBvs = [ pkgs.gsl.dev ];
 616     rcontroll = [ pkgs.gsl.dev ];
 617     deepSNV = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev ];
 618     epialleleR = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev ];
 619     gdalraster = with pkgs; [ gdal proj.dev sqlite.dev ];
 620     mitoClone2 = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev ];
 621     gpg = [ pkgs.gpgme ];
 622     webp = [ pkgs.libwebp ];
 623     RMark = [ pkgs.which ];
 624     RPushbullet = [ pkgs.which ];
 625     stpphawkes = [ pkgs.gsl ];
 626     registr = with pkgs; [ icu.dev zlib.dev bzip2.dev xz.dev libdeflate ];
 627     RCurl = [ pkgs.curl.dev ];
 628     R2SWF = [ pkgs.pkg-config ];
 629     rDEA = [ pkgs.glpk ];
 630     rgl = with pkgs; [ libGLU libGL xorg.libX11.dev freetype.dev libpng.dev ];
 631     RGtk2 = [ pkgs.pkg-config ];
 632     RProtoBuf = [ pkgs.pkg-config ];
 633     Rpoppler = [ pkgs.pkg-config ];
 634     XML = [ pkgs.pkg-config ];
 635     apsimx = [ pkgs.which ];
 636     cairoDevice = [ pkgs.pkg-config ];
 637     chebpol = [ pkgs.pkg-config ];
 638     eds = [ pkgs.zlib.dev ];
 639     pgenlibr = [ pkgs.zlib.dev ];
 640     fftw = [ pkgs.pkg-config ];
 641     gdtools = [ pkgs.pkg-config ];
 642     archive = [ pkgs.libarchive];
 643     gdalcubes = with pkgs; [ proj.dev gdal sqlite.dev netcdf ];
 644     rsbml = [ pkgs.libsbml ];
 645     SuperGauss = [ pkgs.pkg-config pkgs.fftw.dev];
 646     specklestar = [ pkgs.fftw.dev ];
 647     cartogramR = [ pkgs.fftw.dev ];
 648     jqr = [ pkgs.jq.out ];
 649     kza = [ pkgs.pkg-config ];
 650     igraph = with pkgs; [ gmp libxml2.dev glpk ];
 651     interpolation = [ pkgs.gmp ];
 652     image_textlinedetector = with pkgs; [ pkg-config opencv ];
 653     lwgeom = with pkgs; [ pkg-config proj.dev sqlite.dev ];
 654     magick = [ pkgs.pkg-config ];
 655     mwaved = [ pkgs.pkg-config ];
 656     odbc = [ pkgs.pkg-config ];
 657     openssl = [ pkgs.pkg-config ];
 658     pdftools = [ pkgs.pkg-config ];
 659     qckitfastq = [ pkgs.zlib.dev ];
 660     raer = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev ];
 661     RQuantLib = with pkgs; [ quantlib.dev boost.dev ];
 662     sf = with pkgs; [ pkg-config sqlite.dev proj.dev ];
 663     terra = with pkgs; [ pkg-config sqlite.dev proj.dev ];
 664     showtext = [ pkgs.pkg-config ];
 665     spate = [ pkgs.pkg-config ];
 666     stringi = [ pkgs.pkg-config ];
 667     sysfonts = [ pkgs.pkg-config ];
 668     systemfonts = [ pkgs.pkg-config ];
 669     tesseract = [ pkgs.pkg-config ];
 670     Cairo = [ pkgs.pkg-config ];
 671     CLVTools = [ pkgs.gsl ];
 672     excursions = [ pkgs.gsl ];
 673     gpuMagic = [ pkgs.ocl-icd ];
 674     JMcmprsk = [ pkgs.gsl ];
 675     KSgeneral = [ pkgs.fftw.dev ];
 676     mashr = [ pkgs.gsl ];
 677     hadron = [ pkgs.gsl ];
 678     AMOUNTAIN = [ pkgs.gsl ];
 679     Rsymphony = with pkgs; [ symphony doxygen graphviz subversion cgl clp];
 680     tcltk2 = with pkgs; [ tcl tk ];
 681     rswipl = with pkgs; [ ncurses.dev libxcrypt zlib.dev ];
 682     GrafGen = [ pkgs.zlib ];
 683     tikzDevice = with pkgs; [ which texliveMedium ];
 684     gridGraphics = [ pkgs.which ];
 685     adimpro = with pkgs; [ which xorg.xdpyinfo ];
 686     tfevents = [ pkgs.protobuf ];
 687     rsvg = [ pkgs.librsvg.dev ];
 688     ssh = with pkgs; [ libssh ];
 689     s2 = [ pkgs.openssl.dev ];
 690     ArrayExpressHTS = with pkgs; [ zlib.dev curl.dev which ];
 691     bbl = with pkgs; [ gsl ];
 692     diffHic = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev ];
 693     writexl = with pkgs; [ zlib.dev ];
 694     xslt = with pkgs; [ libxslt libxml2 ];
 695     qpdf = with pkgs; [ libjpeg.dev zlib.dev ];
 696     vcfR = with pkgs; [ zlib.dev ];
 697     bio3d = with pkgs; [ zlib.dev ];
 698     arrangements = with pkgs; [ gmp.dev ];
 699     gfilogisreg = [ pkgs.gmp.dev ];
 700     spp = with pkgs; [ zlib.dev ];
 701     bamsignals = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2 ];
 702     Rbowtie = with pkgs; [ zlib.dev ];
 703     gaston = with pkgs; [ zlib.dev ];
 704     csaw = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev curl ];
 705     DirichletMultinomial = with pkgs; [ gsl ];
 706     DiffBind = with pkgs; [ zlib.dev ];
 707     CNEr = with pkgs; [ zlib ];
 708     GMMAT = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev ];
 709     rmumps = with pkgs; [ zlib.dev ];
 710     HiCDCPlus = [ pkgs.zlib.dev ];
 711     PopGenome = [ pkgs.zlib.dev ];
 712     QuasR = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev ];
 713     Rarr = [ pkgs.zlib.dev ];
 714     Rbowtie2 = [ pkgs.zlib.dev ];
 715     Rfastp = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev ];
 716     maftools = with pkgs; [ zlib.dev bzip2 xz.dev ];
 717     Rmmquant = [ pkgs.zlib.dev ];
 718     SICtools = with pkgs; [ zlib.dev ncurses.dev ];
 719     Signac = [ pkgs.zlib.dev ];
 720     TransView = with pkgs; [ xz.dev bzip2.dev zlib.dev ];
 721     bigsnpr = [ pkgs.zlib.dev ];
 722     zlib = [ pkgs.zlib.dev ];
 723     divest = [ pkgs.zlib.dev ];
 724     hipread = [ pkgs.zlib.dev ];
 725     jack = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 726     jackalope = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev ];
 727     largeList = [ pkgs.zlib.dev ];
 728     mappoly = [ pkgs.zlib.dev ];
 729     VariantAnnotation = with pkgs; [ zlib.dev curl.dev bzip2.dev xz.dev ];
 730     matchingMarkets = [ pkgs.zlib.dev ];
 731     methylKit = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev xz.dev ];
 732     ndjson = [ pkgs.zlib.dev ];
 733     podkat = with pkgs; [ zlib.dev xz.dev bzip2.dev ];
 734     qrqc = [ pkgs.zlib.dev ];
 735     rJPSGCS = [ pkgs.zlib.dev ];
 736     rhdf5filters = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev ];
 737     symengine = with pkgs; [ mpfr symengine flint ];
 738     rtk = [ pkgs.zlib.dev ];
 739     scPipe = with pkgs; [ bzip2.dev xz.dev zlib.dev ];
 740     seqTools = [ pkgs.zlib.dev ];
 741     seqbias = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev xz.dev ];
 742     sparkwarc = [ pkgs.zlib.dev ];
 743     RoBMA = [ pkgs.jags ];
 744     RoBSA = [ pkgs.jags ];
 745     pexm = [ pkgs.jags ];
 746     rGEDI = with pkgs; [ libgeotiff.dev libaec zlib.dev hdf5.dev ];
 747     rawrr = [ pkgs.mono ];
 748     HDF5Array = [ pkgs.zlib.dev ];
 749     FLAMES = with pkgs; [ zlib.dev bzip2.dev xz.dev ];
 750     ncdfFlow = [ pkgs.zlib.dev ];
 751     proj4 = [ pkgs.proj.dev ];
 752     rtmpt = [ pkgs.gsl ];
 753     mixcat = [ pkgs.gsl ];
 754     libstableR = [ pkgs.gsl ];
 755     landsepi = [ pkgs.gsl ];
 756     flan = [ pkgs.gsl ];
 757     econetwork = [ pkgs.gsl ];
 758     crandep = [ pkgs.gsl ];
 759     catSurv = [ pkgs.gsl ];
 760     ccfindR = [ pkgs.gsl ];
 761     screenCounter = [ pkgs.zlib.dev ];
 762     SPARSEMODr = [ pkgs.gsl ];
 763     RKHSMetaMod = [ pkgs.gsl ];
 764     LCMCR = [ pkgs.gsl ];
 765     BNSP = [ pkgs.gsl ];
 766     scModels = [ pkgs.mpfr.dev ];
 767     multibridge = with pkgs; [ pkg-config mpfr.dev ];
 768     RcppCWB = with pkgs; [ pcre.dev glib.dev ];
 769     redux = [ pkgs.hiredis ];
 770     RmecabKo = [ pkgs.mecab ];
 771     markets = [ pkgs.gsl ];
 772     rlas = [ pkgs.boost ];
 773     PoissonBinomial = [ pkgs.fftw.dev ];
 774     poisbinom = [ pkgs.fftw.dev ];
 775     PoissonMultinomial = [ pkgs.fftw.dev ];
 776     psbcGroup = [ pkgs.gsl.dev ];
 777     rrd = [ pkgs.rrdtool ];
 778     flowWorkspace = [ pkgs.zlib.dev ];
 779     RITCH = [ pkgs.zlib.dev ];
 780     RcppMeCab = [ pkgs.mecab ];
 781     PING = [ pkgs.gsl ];
 782     PROJ = [ pkgs.proj.dev ];
 783     RcppAlgos = [ pkgs.gmp.dev ];
 784     RcppBigIntAlgos = [ pkgs.gmp.dev ];
 785     spaMM = [ pkgs.gsl ];
 786     shrinkTVP = [ pkgs.gsl ];
 787     sbrl = with pkgs; [ gsl gmp.dev ];
 788     surveyvoi = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 789     unigd = with pkgs; [ cairo.dev libpng.dev ];
 790     HilbertVisGUI = [ pkgs.gtkmm2.dev ];
 791     textshaping = with pkgs; [ harfbuzz.dev freetype.dev fribidi libpng ];
 792     DropletUtils = [ pkgs.zlib.dev ];
 793     RMariaDB = [ pkgs.libmysqlclient.dev ];
 794     ijtiff = [ pkgs.libtiff ];
 795     ragg = with pkgs; [ freetype.dev libpng.dev libtiff.dev zlib.dev libjpeg.dev bzip2.dev ] ++ lib.optional stdenv.hostPlatform.isDarwin lerc.dev;
 796     qqconf = [ pkgs.fftw.dev ];
 797     spFW = [ pkgs.fftw.dev ];
 798     qspray = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 799     ratioOfQsprays = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 800     symbolicQspray = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 801     sphereTessellation = with pkgs; [ gmp.dev mpfr.dev ];
 802     vapour = with pkgs; [ proj.dev gdal ];
 803     MedianaDesigner = [ pkgs.zlib.dev ];
 804     ChemmineOB = with pkgs; [ eigen openbabel ];
 805     DGP4LCF = [ pkgs.lapack pkgs.blas ];
 806   };
 807
 808   packagesRequiringX = [
 809     "analogueExtra"
 810     "AnalyzeFMRI"
 811     "AnnotLists"
 812     "asbio"
 813     "BCA"
 814     "biplotbootGUI"
 815     "cairoDevice"
 816     "cncaGUI"
 817     "CommunityCorrelogram"
 818     "dave"
 819     "DeducerPlugInExample"
 820     "DeducerPlugInScaling"
 821     "DeducerSpatial"
 822     "DeducerSurvival"
 823     "DeducerText"
 824     "Demerelate"
 825     "diveR"
 826     "dpa"
 827     "dynamicGraph"
 828     "EasyqpcR"
 829     "exactLoglinTest"
 830     "fisheyeR"
 831     "forams"
 832     "forensim"
 833     "GGEBiplotGUI"
 834     "gsubfn"
 835     "gWidgets2RGtk2"
 836     "gWidgets2tcltk"
 837     "HiveR"
 838     "ic50"
 839     "iDynoR"
 840     "iplots"
 841     "likeLTD"
 842     "loon"
 843     "loon_ggplot"
 844     "loon_shiny"
 845     "loon_tourr"
 846     "Meth27QC"
 847     "mixsep"
 848     "multibiplotGUI"
 849     "OligoSpecificitySystem"
 850     "optbdmaeAT"
 851     "optrcdmaeAT"
 852     "paleoMAS"
 853     "RandomFields"
 854     "rfviz"
 855     "RclusTool"
 856     "RcmdrPlugin_coin"
 857     "RcmdrPlugin_FuzzyClust"
 858     "RcmdrPlugin_IPSUR"
 859     "RcmdrPlugin_lfstat"
 860     "RcmdrPlugin_PcaRobust"
 861     "RcmdrPlugin_plotByGroup"
 862     "RcmdrPlugin_pointG"
 863     "RcmdrPlugin_sampling"
 864     "RcmdrPlugin_SCDA"
 865     "RcmdrPlugin_SLC"
 866     "RcmdrPlugin_steepness"
 867     "rich"
 868     "RSurvey"
 869     "simba"
 870     "SimpleTable"
 871     "SOLOMON"
 872     "soptdmaeA"
 873     "strvalidator"
 874     "stylo"
 875     "SyNet"
 876     "switchboard"
 877     "tkImgR"
 878     "TTAinterfaceTrendAnalysis"
 879     "twiddler"
 880     "uHMM"
 881     "VecStatGraphs3D"
 882   ];
 883
 884   packagesRequiringHome = [
 885     "aroma_affymetrix"
 886     "aroma_cn"
 887     "aroma_core"
 888     "avotrex"
 889     "beer"
 890     "ceramic"
 891     "connections"
 892     "covidmx"
 893     "csodata"
 894     "DiceView"
 895     "facmodTS"
 896     "gasanalyzer"
 897     "margaret"
 898     "MSnID"
 899     "OmnipathR"
 900     "precommit"
 901     "protGear"
 902     "PCRA"
 903     "PSCBS"
 904     "iemisc"
 905     "repmis"
 906     "R_cache"
 907     "R_filesets"
 908     "RKorAPClient"
 909     "R_rsp"
 910     "salso"
 911     "scholar"
 912     "SpatialDecon"
 913     "stepR"
 914     "styler"
 915     "teal_code"
 916     "TreeTools"
 917     "TreeSearch"
 918     "ACNE"
 919     "APAlyzer"
 920     "EstMix"
 921     "Patterns"
 922     "PECA"
 923     "Quartet"
 924     "ShinyQuickStarter"
 925     "TIN"
 926     "cfdnakit"
 927     "CaDrA"
 928     "GNOSIS"
 929     "TotalCopheneticIndex"
 930     "TreeDist"
 931     "biocthis"
 932     "calmate"
 933     "fgga"
 934     "fulltext"
 935     "immuneSIM"
 936     "mastif"
 937     "shinymeta"
 938     "shinyobjects"
 939     "wppi"
 940     "pins"
 941     "CoTiMA"
 942     "TBRDist"
 943     "Rogue"
 944     "fixest"
 945     "paxtoolsr"
 946     "systemPipeShiny"
 947     "matlab2r"
 948     "GNOSIS"
 949   ];
 950
 951   packagesToSkipCheck = [
 952     "MsDataHub" # tries to connect to ExperimentHub
 953     "Rmpi"     # tries to run MPI processes
 954     "ReactomeContentService4R" # tries to connect to Reactome
 955     "PhIPData" # tries to download something from a DB
 956     "RBioFormats" # tries to download jar during load test
 957     "pbdMPI"   # tries to run MPI processes
 958     "CTdata" # tries to connect to ExperimentHub
 959     "rfaRm" # tries to connect to Ebi
 960     "data_table" # fails to rename shared library before check
 961     "coMethDMR" # tries to connect to ExperimentHub
 962     "multiMiR" # tries to connect to DB
 963     "snapcount" # tries to connect to snaptron.cs.jhu.edu
 964   ];
 965
 966   # Packages which cannot be installed due to lack of dependencies or other reasons.
 967   brokenPackages = [
 968     "av"
 969     "NetLogoR"
 970     "valse"
 971     "HierO"
 972     "HIBAG"
 973     "HiveR"
 974
 975     # Impure network access during build
 976     "waddR"
 977     "tiledb"
 978     "x13binary"
 979     "switchr"
 980
 981     # ExperimentHub dependents, require net access during build
 982     "DuoClustering2018"
 983     "FieldEffectCrc"
 984     "GenomicDistributionsData"
 985     "hpar"
 986     "HDCytoData"
 987     "HMP16SData"
 988     "PANTHER_db"
 989     "RNAmodR_Data"
 990     "SCATEData"
 991     "SingleMoleculeFootprintingData"
 992     "TabulaMurisData"
 993     "benchmarkfdrData2019"
 994     "bodymapRat"
 995     "clustifyrdatahub"
 996     "CTexploreR"
 997     "depmap"
 998     "emtdata"
 999     "metaboliteIDmapping"
1000     "msigdb"
1001     "muscData"
1002     "org_Mxanthus_db"
1003     "scpdata"
1004     "signatureSearch"
1005     "nullrangesData"
1006   ];
1007
1008   otherOverrides = old: new: {
1009     # it can happen that the major version of arrow-cpp is ahead of the
1010     # rPackages.arrow that would be built from CRAN sources; therefore, to avoid
1011     # build failures and manual updates of the hash, we use the R source at
1012     # the GitHub release state of libarrow (arrow-cpp) in Nixpkgs. This may
1013     # not exactly represent the CRAN sources, but because patching of the
1014     # CRAN R package is mostly done to meet special CRAN build requirements,
1015     # this is a straightforward approach. Example where patching was necessary
1016     # -> arrow 14.0.0.2 on CRAN; was lagging behind libarrow release:
1017     #   https://github.com/apache/arrow/issues/39698 )
1018
1019     vegan3d = old.vegan3d.overrideAttrs (attrs: {
1020       RGL_USE_NULL = "true";
1021     });
1022
1023     arrow = old.arrow.overrideAttrs (attrs: {
1024       src = pkgs.arrow-cpp.src;
1025       name = "r-arrow-${pkgs.arrow-cpp.version}";
1026       prePatch = "cd r";
1027       postPatch = ''
1028         patchShebangs configure
1029       '';
1030       buildInputs = attrs.buildInputs ++ [
1031         pkgs.arrow-cpp
1032       ];
1033     });
1034
1035     gifski = old.gifski.overrideAttrs (attrs: {
1036       cargoDeps = pkgs.rustPlatform.fetchCargoTarball {
1037         src = attrs.src;
1038         sourceRoot = "gifski/src/myrustlib";
1039         hash = "sha256-e6nuiQU22GiO2I+bu0muyICGrdkCLSZUDHDz2mM2hz0=";
1040       };
1041
1042       cargoRoot = "src/myrustlib";
1043
1044       nativeBuildInputs = attrs.nativeBuildInputs ++ [
1045         pkgs.rustPlatform.cargoSetupHook
1046         pkgs.cargo
1047         pkgs.rustc
1048       ];
1049     });
1050
1051     timeless = old.timeless.overrideAttrs (attrs: {
1052       cargoDeps = pkgs.rustPlatform.fetchCargoTarball {
1053         src = attrs.src;
1054         sourceRoot = "timeless/src/rust";
1055         hash = "sha256-n0/52CV3NzWe7T3N6VoaURMxWrnqeYaUMPKkUy+LRQs=";
1056       };
1057
1058       cargoRoot = "src/rust";
1059
1060       nativeBuildInputs = attrs.nativeBuildInputs ++ [
1061         pkgs.rustPlatform.cargoSetupHook
1062         pkgs.cargo
1063       ];
1064     });
1065
1066     stringi = old.stringi.overrideAttrs (attrs: {
1067       postInstall = let
1068         icuName = "icudt52l";
1069         icuSrc = pkgs.fetchzip {
1070           url = "http://static.rexamine.com/packages/${icuName}.zip";
1071           sha256 = "0hvazpizziq5ibc9017i1bb45yryfl26wzfsv05vk9mc1575r6xj";
1072           stripRoot = false;
1073         };
1074         in ''
1075           ${attrs.postInstall or ""}
1076           cp ${icuSrc}/${icuName}.dat $out/library/stringi/libs
1077         '';
1078     });
1079
1080     xml2 = old.xml2.overrideAttrs (attrs: {
1081       preConfigure = ''
1082         export LIBXML_INCDIR=${pkgs.libxml2.dev}/include/libxml2
1083         patchShebangs configure
1084         '';
1085     });
1086
1087     sf = old.sf.overrideAttrs (attrs: {
1088       configureFlags = [
1089         "--with-proj-lib=${pkgs.lib.getLib pkgs.proj}/lib"
1090       ];
1091     });
1092
1093     terra = old.terra.overrideAttrs (attrs: {
1094       configureFlags = [
1095         "--with-proj-lib=${pkgs.lib.getLib pkgs.proj}/lib"
1096       ];
1097     });
1098
1099     vapour = old.vapour.overrideAttrs (attrs: {
1100       configureFlags = [
1101         "--with-proj-lib=${pkgs.lib.getLib pkgs.proj}/lib"
1102       ];
1103     });
1104
1105     rzmq = old.rzmq.overrideAttrs (attrs: {
1106       preConfigure = "patchShebangs configure";
1107     });
1108
1109     clustermq = old.clustermq.overrideAttrs (attrs: {
1110       preConfigure = "patchShebangs configure";
1111     });
1112
1113     Cairo = old.Cairo.overrideAttrs (attrs: {
1114       NIX_LDFLAGS = "-lfontconfig";
1115     });
1116
1117     curl = old.curl.overrideAttrs (attrs: {
1118       preConfigure = "patchShebangs configure";
1119     });
1120
1121     Cyclops = old.Cyclops.overrideAttrs (attrs: {
1122       preConfigure = "patchShebangs configure";
1123     });
1124
1125     RcppParallel = old.RcppParallel.overrideAttrs (attrs: {
1126       preConfigure = "patchShebangs configure";
1127     });
1128
1129     Colossus = old.Colossus.overrideAttrs (_: {
1130       postPatch = "patchShebangs configure";
1131     });
1132
1133    gmailr = old.gmailr.overrideAttrs (attrs: {
1134       postPatch = "patchShebangs configure";
1135     });
1136
1137     heck = old.heck.overrideAttrs (attrs: {
1138       postPatch = "patchShebangs configure";
1139     });
1140
1141    surtvep = old.surtvep.overrideAttrs (attrs: {
1142       postPatch = "patchShebangs configure";
1143     });
1144
1145     purrr = old.purrr.overrideAttrs (attrs: {
1146       patchPhase = "patchShebangs configure";
1147     });
1148
1149     luajr = old.luajr.overrideAttrs (attrs: {
1150       hardeningDisable = [ "format" ];
1151       postPatch = "patchShebangs configure";
1152     });
1153
1154     RcppArmadillo = old.RcppArmadillo.overrideAttrs (attrs: {
1155       patchPhase = "patchShebangs configure";
1156     });
1157
1158     RcppGetconf = old.RcppGetconf.overrideAttrs (attrs: {
1159       postPatch = "patchShebangs configure";
1160     });
1161
1162     SpliceWiz = old.SpliceWiz.overrideAttrs (attrs: {
1163       postPatch = "patchShebangs configure";
1164     });
1165
1166     zoomerjoin = old.zoomerjoin.overrideAttrs (attrs: {
1167       nativeBuildInputs = [ pkgs.cargo ] ++ attrs.nativeBuildInputs;
1168       postPatch = "patchShebangs configure";
1169     });
1170
1171     b64 = old.b64.overrideAttrs (attrs: {
1172       nativeBuildInputs = [ pkgs.cargo ] ++ attrs.nativeBuildInputs;
1173       postPatch = "patchShebangs configure";
1174     });
1175
1176    ocf = old.ocf.overrideAttrs (attrs: {
1177       postPatch = "patchShebangs configure";
1178     });
1179
1180     data_table = old.data_table.overrideAttrs (attrs: {
1181       env = (attrs.env or { }) // {
1182         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -fopenmp";
1183       };
1184       patchPhase = "patchShebangs configure";
1185     });
1186
1187     cisPath = old.cisPath.overrideAttrs (attrs: {
1188       hardeningDisable = [ "format" ];
1189     });
1190
1191     HilbertVis = old.HilbertVis.overrideAttrs (attrs: {
1192       hardeningDisable = [ "format" ];
1193     });
1194
1195     HilbertVisGUI = old.HilbertVisGUI.overrideAttrs (attrs: {
1196       hardeningDisable = [ "format" ];
1197     });
1198
1199     MANOR = old.MANOR.overrideAttrs (attrs: {
1200       hardeningDisable = [ "format" ];
1201     });
1202
1203     rGADEM = old.rGADEM.overrideAttrs (attrs: {
1204       hardeningDisable = [ "format" ];
1205     });
1206
1207    rsgeo = old.rsgeo.overrideAttrs (attrs: {
1208       nativeBuildInputs = [ pkgs.cargo ] ++ attrs.nativeBuildInputs;
1209       postPatch = "patchShebangs configure";
1210     });
1211
1212    instantiate = old.instantiate.overrideAttrs (attrs: {
1213       postPatch = "patchShebangs configure";
1214     });
1215
1216     exifr = old.exifr.overrideAttrs (attrs: {
1217       postPatch = ''
1218         for f in .onLoad .onAttach ; do
1219           substituteInPlace R/load_hook.R \
1220             --replace-fail \
1221             "$f <- function(libname, pkgname) {" \
1222             "$f <- function(libname, pkgname) {
1223                  options(
1224                      exifr.perlpath = \"${lib.getBin pkgs.perl}/bin/perl\",
1225                      exifr.exiftoolcommand = \"${lib.getBin pkgs.exiftool}/bin/exiftool\"
1226                  )"
1227         done
1228       '';
1229     });
1230
1231     NGCHM = old.NGCHM.overrideAttrs (attrs: {
1232       postPatch = ''
1233           substituteInPlace "inst/base.config/conf.d/01-server-protocol-scl.R" \
1234             --replace-fail \
1235             "/bin/hostname" "${lib.getBin pkgs.hostname}/bin/hostname"
1236       '';
1237     });
1238
1239     ModelMetrics = old.ModelMetrics.overrideAttrs (attrs: {
1240       env = (attrs.env or { }) // {
1241         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + lib.optionalString stdenv.hostPlatform.isDarwin " -fopenmp";
1242       };
1243     });
1244
1245     rawrr = old.rawrr.overrideAttrs (attrs: {
1246       postPatch = ''
1247         substituteInPlace "R/zzz.R" "R/dotNetAssembly.R" --replace-warn \
1248           "Sys.which('mono')" "'${lib.getBin pkgs.mono}/bin/mono'"
1249
1250         substituteInPlace "R/dotNetAssembly.R" --replace-warn \
1251           "Sys.which(\"xbuild\")" "\"${lib.getBin pkgs.mono}/bin/xbuild\""
1252
1253         substituteInPlace "R/dotNetAssembly.R" --replace-warn \
1254           "cmd <- ifelse(Sys.which(\"msbuild\") != \"\", \"msbuild\", \"xbuild\")" \
1255           "cmd <- \"${lib.getBin pkgs.mono}/bin/xbuild\""
1256
1257         substituteInPlace "R/rawrr.R" --replace-warn \
1258           "Sys.which(\"mono\")" "\"${lib.getBin pkgs.mono}/bin/mono\""
1259       '';
1260     });
1261
1262     rpf = old.rpf.overrideAttrs (attrs: {
1263       patchPhase = "patchShebangs configure";
1264     });
1265
1266     rJava = old.rJava.overrideAttrs (attrs: {
1267       preConfigure = ''
1268         export JAVA_CPPFLAGS=-I${pkgs.jdk}/include/
1269         export JAVA_HOME=${pkgs.jdk}
1270       '';
1271     });
1272
1273     JavaGD = old.JavaGD.overrideAttrs (attrs: {
1274       preConfigure = ''
1275         export JAVA_CPPFLAGS=-I${pkgs.jdk}/include/
1276         export JAVA_HOME=${pkgs.jdk}
1277       '';
1278     });
1279
1280     jqr = old.jqr.overrideAttrs (attrs: {
1281       preConfigure = ''
1282         patchShebangs configure
1283         '';
1284     });
1285
1286     pathfindR = old.pathfindR.overrideAttrs (attrs: {
1287       postPatch = ''
1288         substituteInPlace "R/zzz.R" \
1289           --replace-fail "    check_java_version()" "    Sys.setenv(JAVA_HOME = \"${lib.getBin pkgs.jre_minimal}\"); check_java_version()"
1290         substituteInPlace "R/active_snw_search.R" \
1291           --replace-fail "system(paste0(\"java" "system(paste0(\"${lib.getBin pkgs.jre_minimal}/bin/java"
1292       '';
1293     });
1294
1295     pbdZMQ = old.pbdZMQ.overrideAttrs (attrs: {
1296       postPatch = lib.optionalString stdenv.hostPlatform.isDarwin ''
1297         for file in R/*.{r,r.in}; do
1298             sed -i 's#system("which \(\w\+\)"[^)]*)#"${pkgs.cctools}/bin/\1"#g' $file
1299         done
1300       '';
1301     });
1302
1303     quarto = old.quarto.overrideAttrs (attrs: {
1304       propagatedBuildInputs = attrs.propagatedBuildInputs ++ [ pkgs.quarto ];
1305       postPatch = ''
1306         substituteInPlace "R/quarto.R" \
1307           --replace-fail "Sys.getenv(\"QUARTO_PATH\", unset = NA_character_)" "Sys.getenv(\"QUARTO_PATH\", unset = '${lib.getBin pkgs.quarto}/bin/quarto')"
1308       '';
1309     });
1310
1311     Rhisat2 = old.Rhisat2.overrideAttrs (attrs: {
1312       enableParallelBuilding = false;
1313     });
1314
1315     s2 = old.s2.overrideAttrs (attrs: {
1316       PKGCONFIG_CFLAGS = "-I${pkgs.openssl.dev}/include";
1317       PKGCONFIG_LIBS = "-Wl,-rpath,${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -L${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -lssl -lcrypto";
1318     });
1319
1320     Rmpi = old.Rmpi.overrideAttrs (attrs: {
1321       configureFlags = [
1322         "--with-Rmpi-type=OPENMPI"
1323       ];
1324     });
1325
1326     Rmpfr = old.Rmpfr.overrideAttrs (attrs: {
1327       configureFlags = [
1328         "--with-mpfr-include=${pkgs.mpfr.dev}/include"
1329       ];
1330     });
1331
1332     covidsymptom = old.covidsymptom.overrideAttrs (attrs: {
1333       preConfigure = "rm R/covidsymptomdata.R";
1334     });
1335
1336     cubature = old.cubature.overrideAttrs (attrs: {
1337       enableParallelBuilding = false;
1338     });
1339
1340     RVowpalWabbit = old.RVowpalWabbit.overrideAttrs (attrs: {
1341       configureFlags = [
1342         "--with-boost=${pkgs.boost.dev}" "--with-boost-libdir=${pkgs.boost.out}/lib"
1343       ];
1344     });
1345
1346     RAppArmor = old.RAppArmor.overrideAttrs (attrs: {
1347       patches = [ ./patches/RAppArmor.patch ];
1348       LIBAPPARMOR_HOME = pkgs.libapparmor;
1349     });
1350
1351     RMySQL = old.RMySQL.overrideAttrs (attrs: {
1352       MYSQL_DIR = "${pkgs.libmysqlclient}";
1353       PKGCONFIG_CFLAGS = "-I${pkgs.libmysqlclient.dev}/include/mysql";
1354       NIX_CFLAGS_LINK = "-L${pkgs.libmysqlclient}/lib/mysql -lmysqlclient";
1355       preConfigure = ''
1356         patchShebangs configure
1357       '';
1358     });
1359
1360     devEMF = old.devEMF.overrideAttrs (attrs: {
1361       NIX_CFLAGS_LINK = "-L${pkgs.xorg.libXft.out}/lib -lXft";
1362       NIX_LDFLAGS = "-lX11";
1363     });
1364
1365     hdf5r = old.hdf5r.overrideAttrs (attrs: {
1366       buildInputs = attrs.buildInputs ++ [ new.Rhdf5lib.hdf5 ];
1367     });
1368
1369     slfm = old.slfm.overrideAttrs (attrs: {
1370       PKG_LIBS = "-L${pkgs.blas}/lib -lblas -L${pkgs.lapack}/lib -llapack";
1371     });
1372
1373     SamplerCompare = old.SamplerCompare.overrideAttrs (attrs: {
1374       PKG_LIBS = "-L${pkgs.blas}/lib -lblas -L${pkgs.lapack}/lib -llapack";
1375     });
1376
1377     FLAMES = old.FLAMES.overrideAttrs (attrs: {
1378       patches = [ ./patches/FLAMES.patch ];
1379     });
1380
1381     openssl = old.openssl.overrideAttrs (attrs: {
1382       preConfigure = ''
1383         patchShebangs configure
1384       '';
1385       PKGCONFIG_CFLAGS = "-I${pkgs.openssl.dev}/include";
1386       PKGCONFIG_LIBS = "-Wl,-rpath,${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -L${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -lssl -lcrypto";
1387     });
1388
1389     websocket = old.websocket.overrideAttrs (attrs: {
1390       PKGCONFIG_CFLAGS = "-I${pkgs.openssl.dev}/include";
1391       PKGCONFIG_LIBS = "-Wl,-rpath,${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -L${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -lssl -lcrypto";
1392     });
1393
1394     Rserve = old.Rserve.overrideAttrs (attrs: {
1395       patches = [ ./patches/Rserve.patch ];
1396       configureFlags = [
1397         "--with-server" "--with-client"
1398       ];
1399     });
1400
1401     universalmotif = old.universalmotif.overrideAttrs (attrs: {
1402       patches = [ ./patches/universalmotif.patch];
1403     });
1404
1405     V8 = old.V8.overrideAttrs (attrs: {
1406       postPatch = ''
1407         substituteInPlace configure \
1408           --replace-fail " -lv8_libplatform" ""
1409         # Bypass the test checking if pointer compression is needed
1410         substituteInPlace configure \
1411           --replace-fail "./pctest1" "true"
1412       '';
1413
1414       preConfigure = ''
1415         export INCLUDE_DIR=${pkgs.nodejs.libv8}/include
1416         export LIB_DIR=${pkgs.nodejs.libv8}/lib
1417         patchShebangs configure
1418       '';
1419
1420       R_MAKEVARS_SITE = lib.optionalString (pkgs.stdenv.system == "aarch64-linux")
1421         (pkgs.writeText "Makevars" ''
1422           CXX14PICFLAGS = -fPIC
1423         '');
1424     });
1425
1426     acs = old.acs.overrideAttrs (attrs: {
1427       preConfigure = ''
1428         patchShebangs configure
1429         '';
1430     });
1431
1432     gdtools = old.gdtools.overrideAttrs (attrs: {
1433       preConfigure = ''
1434         patchShebangs configure
1435         '';
1436       NIX_LDFLAGS = "-lfontconfig -lfreetype";
1437     });
1438
1439     magick = old.magick.overrideAttrs (attrs: {
1440       preConfigure = ''
1441         patchShebangs configure
1442         '';
1443     });
1444
1445     libgeos = old.libgeos.overrideAttrs (attrs: {
1446       preConfigure = ''
1447         patchShebangs configure
1448         '';
1449     });
1450
1451     protolite = old.protolite.overrideAttrs (attrs: {
1452       preConfigure = ''
1453         patchShebangs configure
1454         '';
1455     });
1456
1457     rgoslin = old.rgoslin.overrideAttrs (attrs: {
1458       enableParallelBuilding = false;
1459     });
1460
1461     rpanel = old.rpanel.overrideAttrs (attrs: {
1462       preConfigure = ''
1463         export TCLLIBPATH="${pkgs.tclPackages.bwidget}/lib/bwidget${pkgs.tclPackages.bwidget.version}"
1464       '';
1465       TCLLIBPATH = "${pkgs.tclPackages.bwidget}/lib/bwidget${pkgs.tclPackages.bwidget.version}";
1466     });
1467
1468     networkscaleup = old.networkscaleup.overrideAttrs (attrs: {
1469       env = (attrs.env or { }) // {
1470         # needed to avoid "log limit exceeded" on Hydra
1471         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -Wno-ignored-attributes";
1472       };
1473
1474       # consumes a lot of resources in parallel
1475       enableParallelBuilding = false;
1476     });
1477
1478     RPostgres = old.RPostgres.overrideAttrs (attrs: {
1479       preConfigure = ''
1480         export INCLUDE_DIR=${pkgs.postgresql}/include
1481         export LIB_DIR=${pkgs.postgresql.lib}/lib
1482         patchShebangs configure
1483         '';
1484     });
1485
1486     OpenMx = old.OpenMx.overrideAttrs (attrs: {
1487       env = (attrs.env or { }) // {
1488         # needed to avoid "log limit exceeded" on Hydra
1489         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -Wno-ignored-attributes";
1490       };
1491       preConfigure = ''
1492         patchShebangs configure
1493         '';
1494     });
1495
1496     odbc = old.odbc.overrideAttrs (attrs: {
1497       preConfigure = ''
1498         patchShebangs configure
1499         '';
1500     });
1501
1502     x13binary = old.x13binary.overrideAttrs (attrs: {
1503       preConfigure = ''
1504         patchShebangs configure
1505         '';
1506     });
1507
1508     FlexReg = old.FlexReg.overrideAttrs (attrs: {
1509       env = (attrs.env or { }) // {
1510         # needed to avoid "log limit exceeded" on Hydra
1511         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -Wno-ignored-attributes";
1512       };
1513
1514       # consumes a lot of resources in parallel
1515       enableParallelBuilding = false;
1516     });
1517
1518     geojsonio = old.geojsonio.overrideAttrs (attrs: {
1519       buildInputs = [ cacert ] ++ attrs.buildInputs;
1520     });
1521
1522
1523     immunotation = let
1524       MHC41alleleList = fetchurl {
1525         url = "https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetMHCpan-4.1/allele.list";
1526         hash = "sha256-CRZ+0uHzcq5zK5eONucAChXIXO8tnq5sSEAS80Z7jhg=";
1527       };
1528
1529       MHCII40alleleList = fetchurl {
1530         url = "https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetMHCIIpan-4.0/alleles_name.list";
1531         hash = "sha256-K4Ic2NUs3P4IkvOODwZ0c4Yh8caex5Ih0uO5jXRHp40=";
1532       };
1533
1534       # List of valid countries, regions and ethnic groups
1535       # The original page is changing a bit every day, but the relevant
1536       # content does not. Use archive.org to get a stable snapshot.
1537       # It can be updated from time to time, or when the package becomes
1538       # deficient. This may be difficult to know.
1539       # Update the snapshot date, and add id_ after it, as described here:
1540       # https://web.archive.org/web/20130806040521/http://faq.web.archive.org/page-without-wayback-code/
1541       validGeographics = fetchurl {
1542         url = "https://web.archive.org/web/20240418194005id_/http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp";
1543         hash = "sha256-m7Wkmh/cPxeqn94LwoznIh+fcFXskmSGErUYj6kTqak=";
1544       };
1545     in old.immunotation.overrideAttrs (attrs: {
1546       patches = [ ./patches/immunotation.patch ];
1547       postPatch = ''
1548         substituteInPlace "R/external_resources_input.R" --replace-fail \
1549           "nix-NetMHCpan-4.1-allele-list" ${MHC41alleleList}
1550
1551         substituteInPlace "R/external_resources_input.R" --replace-fail \
1552           "nix-NETMHCIIpan-4.0-alleles-name-list" ${MHCII40alleleList}
1553
1554         substituteInPlace "R/AFND_interface.R" --replace-fail \
1555           "nix-valid-geographics" ${validGeographics}
1556       '';
1557     });
1558
1559     nearfar = let
1560       angrist = fetchurl {
1561         url = "https://raw.githubusercontent.com/joerigdon/nearfar/master/angrist.csv";
1562         hash = "sha256-lb+HMHnRGonc26merFGB0B7Vk1Lk+sIJlay+JtQC8m4=";
1563       };
1564     in old.nearfar.overrideAttrs (attrs: {
1565       postPatch = ''
1566         substituteInPlace "R/nearfar.R" --replace-fail \
1567          'url("https://raw.githubusercontent.com/joerigdon/nearfar/master/angrist.csv")'  '"${angrist}"'
1568       '';
1569     });
1570
1571     rstan = old.rstan.overrideAttrs (attrs: {
1572       env = (attrs.env or { }) // {
1573         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION";
1574       };
1575     });
1576
1577     mongolite = old.mongolite.overrideAttrs (attrs: {
1578       preConfigure = ''
1579         patchShebangs configure
1580         '';
1581       PKGCONFIG_CFLAGS = "-I${pkgs.openssl.dev}/include -I${pkgs.cyrus_sasl.dev}/include -I${pkgs.zlib.dev}/include";
1582       PKGCONFIG_LIBS = "-Wl,-rpath,${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -L${lib.getLib pkgs.openssl}/lib -L${pkgs.cyrus_sasl.out}/lib -L${pkgs.zlib.out}/lib -lssl -lcrypto -lsasl2 -lz";
1583     });
1584
1585     ChemmineOB = old.ChemmineOB.overrideAttrs (attrs: {
1586       # pkg-config knows openbabel-3 without the .0
1587       # Eigen3 is also looked for in the wrong location
1588       # pointer was changed in newer version of openbabel:
1589       #   https://github.com/openbabel/openbabel/commit/305a6fd3183540e4a8ae1d79d10bf1860e6aa373
1590       postPatch = ''
1591         substituteInPlace configure \
1592           --replace-fail openbabel-3.0 openbabel-3
1593         substituteInPlace src/Makevars.in \
1594           --replace-fail "-I/usr/include/eigen3" "-I${pkgs.eigen}/include/eigen3"
1595         substituteInPlace src/ChemmineOB.cpp \
1596           --replace-fail "obsharedptr<" "std::shared_ptr<"
1597       '';
1598
1599       # copied from fastnlo-toolkit:
1600       # None of our currently packaged versions of swig are C++17-friendly
1601       # Use a workaround from https://github.com/swig/swig/issues/1538
1602       env = (attrs.env or { }) // {
1603         NIX_CFLAGS_COMPILE = (attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE or "") + lib.optionalString stdenv.hostPlatform.isDarwin " -D_LIBCPP_ENABLE_CXX17_REMOVED_FEATURES";
1604       };
1605     });
1606
1607     ps = old.ps.overrideAttrs (attrs: {
1608       preConfigure = "patchShebangs configure";
1609     });
1610
1611     rlang = old.rlang.overrideAttrs (attrs: {
1612       preConfigure = "patchShebangs configure";
1613     });
1614
1615     systemfonts = old.systemfonts.overrideAttrs (attrs: {
1616       preConfigure = "patchShebangs configure";
1617     });
1618
1619     littler = old.littler.overrideAttrs (attrs: with pkgs; {
1620       buildInputs = [ pcre xz zlib bzip2 icu which ] ++ attrs.buildInputs;
1621       postInstall = ''
1622         install -d $out/bin $out/share/man/man1
1623         ln -s ../library/littler/bin/r $out/bin/r
1624         ln -s ../library/littler/bin/r $out/bin/lr
1625         ln -s ../../../library/littler/man-page/r.1 $out/share/man/man1
1626         # these won't run without special provisions, so better remove them
1627         rm -r $out/library/littler/script-tests
1628       '';
1629     });
1630
1631     lpsymphony = old.lpsymphony.overrideAttrs (attrs: {
1632       preConfigure = ''
1633         patchShebangs configure
1634       '';
1635     });
1636
1637     sodium = old.sodium.overrideAttrs (attrs: with pkgs; {
1638       preConfigure = ''
1639         patchShebangs configure
1640       '';
1641       nativeBuildInputs = [ pkg-config ] ++ attrs.nativeBuildInputs;
1642       buildInputs = [ libsodium.dev ] ++ attrs.buildInputs;
1643     });
1644
1645     keyring = old.keyring.overrideAttrs (attrs: {
1646       preConfigure = ''
1647         patchShebangs configure
1648       '';
1649     });
1650
1651     Rhtslib = old.Rhtslib.overrideAttrs (attrs: {
1652       preConfigure = ''
1653         substituteInPlace R/zzz.R --replace "-lcurl" "-L${pkgs.curl.out}/lib -lcurl"
1654       '';
1655     });
1656
1657     h2o = old.h2o.overrideAttrs (attrs: {
1658       preConfigure = ''
1659         # prevent download of jar file during install and postpone to first use
1660         sed -i '/downloadJar()/d' R/zzz.R
1661
1662         # during runtime the package directory is not writable as it's in the
1663         # nix store, so store the jar in the user's cache directory instead
1664         substituteInPlace R/connection.R --replace \
1665           'dest_file <- file.path(dest_folder, "h2o.jar")' \
1666           'dest_file <- file.path("~/.cache/", "h2o.jar")'
1667       '';
1668     });
1669
1670     SICtools = old.SICtools.overrideAttrs (attrs: {
1671       postPatch = ''
1672         substituteInPlace src/Makefile --replace-fail "-lcurses" "-lncurses"
1673       '';
1674       hardeningDisable = [ "format" ];
1675     });
1676
1677     Rbwa = old.Rbwa.overrideAttrs (attrs: {
1678       # Parallel build cleans up *.o before they can be packed in a library
1679       postPatch = ''
1680         substituteInPlace src/Makefile --replace-fail \
1681           "all:\$(PROG) ../inst/bwa clean" \
1682           "all:\$(PROG) ../inst/bwa" \
1683       '';
1684     });
1685
1686     ROracle = old.ROracle.overrideAttrs (attrs: {
1687       configureFlags = [
1688         "--with-oci-lib=${pkgs.oracle-instantclient.lib}/lib"
1689         "--with-oci-inc=${pkgs.oracle-instantclient.dev}/include"
1690       ];
1691     });
1692
1693     xslt = old.xslt.overrideAttrs (attrs: {
1694       env = (attrs.env or { }) // {
1695         NIX_CFLAGS_COMPILE = attrs.env.NIX_CFLAGS_COMPILE + " -fpermissive";
1696       };
1697     });
1698
1699     sparklyr = old.sparklyr.overrideAttrs (attrs: {
1700       # Pyspark's spark is full featured and better maintained than pkgs.spark
1701       preConfigure = ''
1702         substituteInPlace R/zzz.R \
1703           --replace ".onLoad <- function(...) {" \
1704             ".onLoad <- function(...) {
1705           Sys.setenv(\"SPARK_HOME\" = Sys.getenv(\"SPARK_HOME\", unset = \"${pkgs.python3Packages.pyspark}/${pkgs.python3Packages.python.sitePackages}/pyspark\"))
1706           Sys.setenv(\"JAVA_HOME\" = Sys.getenv(\"JAVA_HOME\", unset = \"${pkgs.jdk}\"))"
1707       '';
1708     });
1709
1710     proj4 = old.proj4.overrideAttrs (attrs: {
1711       preConfigure = ''
1712         substituteInPlace configure \
1713           --replace "-lsqlite3" "-L${lib.makeLibraryPath [ pkgs.sqlite ]} -lsqlite3"
1714       '';
1715     });
1716
1717     rrd = old.rrd.overrideAttrs (attrs: {
1718       preConfigure = ''
1719         patchShebangs configure
1720       '';
1721     });
1722
1723     ChIPXpress = old.ChIPXpress.override { hydraPlatforms = []; };
1724
1725     rgl = old.rgl.overrideAttrs (attrs: {
1726       RGL_USE_NULL = "true";
1727     });
1728
1729     Rrdrand = old.Rrdrand.override { platforms = lib.platforms.x86_64 ++ lib.platforms.x86; };
1730
1731     symengine = old.symengine.overrideAttrs (_: {
1732       preConfigure = ''
1733         rm configure
1734         cat > src/Makevars << EOF
1735         PKG_LIBS=-lsymengine
1736         all: $(SHLIB)
1737         EOF
1738       '';
1739     });
1740
1741     RandomFieldsUtils = old.RandomFieldsUtils.override { platforms = lib.platforms.x86_64 ++ lib.platforms.x86; };
1742
1743     flowClust = old.flowClust.override { platforms = lib.platforms.x86_64 ++ lib.platforms.x86; };
1744
1745     RcppCGAL = old.RcppCGAL.overrideAttrs (_: {
1746       postPatch = "patchShebangs configure";
1747     });
1748
1749     SharedObject = old.SharedObject.overrideAttrs (attrs: {
1750       # backport PR resolving build issues: https://github.com/Jiefei-Wang/SharedObject/pull/17
1751       patches = let inherit (pkgs) fetchpatch; in [
1752         (fetchpatch {
1753           url = "https://github.com/Jiefei-Wang/SharedObject/pull/17/commits/50c4b2964649d7f5a14d843bd7089ab62650fcd3.patch";
1754           sha256 = "sha256-zn535IeOYRvyQ2yxgoGEq2wccrl9xdu9nREmy7sV+PQ=";
1755         })
1756         (fetchpatch {
1757           url = "https://github.com/Jiefei-Wang/SharedObject/pull/17/commits/bf096a39858e9210cbe246d4b136905d4cfbfaf4.patch";
1758           sha256 = "sha256-Z+BZOkFnLgIBiVuPsAHp7bMXzADcvuHV4hILdmLvd+k=";
1759         })
1760       ];
1761     });
1762
1763     httr2 = old.httr2.overrideAttrs (attrs: {
1764       preConfigure = "patchShebangs configure";
1765     });
1766
1767     dbarts = old.dbarts.override { platforms = lib.platforms.x86_64 ++ lib.platforms.x86; };
1768
1769     geomorph = old.geomorph.overrideAttrs (attrs: {
1770       RGL_USE_NULL = "true";
1771     });
1772
1773     gpuMagic = old.gpuMagic.overrideAttrs (_: {
1774       hardeningDisable = ["format"];
1775     });
1776
1777     Rdisop = old.Rdisop.overrideAttrs (_: {
1778       hardeningDisable = ["format"];
1779     });
1780
1781     opencv = let
1782       opencvGtk = pkgs.opencv.override (old : { enableGtk2 = true; });
1783     in old.opencv.overrideAttrs (attrs: {
1784       buildInputs = attrs.buildInputs ++ [ opencvGtk ];
1785     });
1786
1787     Rhdf5lib = let
1788       hdf5 = pkgs.hdf5_1_10.overrideAttrs (attrs: {configureFlags = attrs.configureFlags ++ [ "--enable-cxx" ];});
1789     in old.Rhdf5lib.overrideAttrs (attrs: {
1790       propagatedBuildInputs = attrs.propagatedBuildInputs ++ [ hdf5.dev pkgs.libaec ];
1791       patches = [ ./patches/Rhdf5lib.patch ];
1792       passthru.hdf5 = hdf5;
1793     });
1794
1795     rhdf5filters = old.rhdf5filters.overrideAttrs (attrs: {
1796       patches = [ ./patches/rhdf5filters.patch ];
1797     });
1798
1799     rhdf5= old.rhdf5.overrideAttrs (attrs: {
1800       patches = [ ./patches/rhdf5.patch ];
1801     });
1802
1803     rmarkdown = old.rmarkdown.overrideAttrs (_: {
1804       preConfigure = ''
1805         substituteInPlace R/pandoc.R \
1806           --replace '"~/opt/pandoc"' '"~/opt/pandoc", "${pkgs.pandoc}/bin"'
1807       '';
1808     });
1809
1810     redland = old.redland.overrideAttrs (_: {
1811       PKGCONFIG_CFLAGS="-I${pkgs.redland}/include -I${pkgs.librdf_raptor2}/include/raptor2 -I${pkgs.librdf_rasqal}/include/rasqal";
1812       PKGCONFIG_LIBS="-L${pkgs.redland}/lib -L${pkgs.librdf_raptor2}/lib -L${pkgs.librdf_rasqal}/lib -lrdf -lraptor2 -lrasqal";
1813     });
1814
1815     textshaping = old.textshaping.overrideAttrs (attrs: {
1816       env.NIX_LDFLAGS = "-lfribidi -lharfbuzz";
1817     });
1818
1819     httpuv = old.httpuv.overrideAttrs (_: {
1820       preConfigure = ''
1821         patchShebangs configure
1822       '';
1823     });
1824
1825     oligo = old.oligo.overrideAttrs (_: {
1826       hardeningDisable = ["format"];
1827     });
1828
1829     tesseract = old.tesseract.overrideAttrs (_: {
1830       preConfigure = ''
1831         substituteInPlace configure \
1832           --replace 'PKG_CONFIG_NAME="tesseract"' 'PKG_CONFIG_NAME="tesseract lept"'
1833       '';
1834     });
1835
1836     ijtiff = old.ijtiff.overrideAttrs (_: {
1837       preConfigure = ''
1838         patchShebangs configure
1839       '';
1840     });
1841
1842     torch = old.torch.overrideAttrs (attrs: {
1843       preConfigure = ''
1844         patchShebangs configure
1845       '';
1846     });
1847
1848     pak = old.pak.overrideAttrs (attrs: {
1849       preConfigure = ''
1850         patchShebangs configure
1851         patchShebangs src/library/curl/configure
1852         patchShebangs src/library/pkgdepends/configure
1853         patchShebangs src/library/ps/configure
1854       '';
1855     });
1856
1857     pkgdepends = old.pkgdepends.overrideAttrs (attrs: {
1858       postPatch = ''
1859         patchShebangs configure
1860       '';
1861     });
1862   };
1863 in
1864   self