README.txt

   1 This version of PsN is tested with perl-5.8.4
   2 Depending on your distribution you may have to install the following
   3 perl packages:
   4
   5 Math::Random
   6 Storable::Store
   7
   8 All available from CPAN ( www.cpan.org )
   9
  10   Changelog
  11 ----------------------------------------------
  12
  13 Changes from 2.1.8 to 2.?.?
  14
  15 Features
  16  - Nordugrid support reintroduced.
  17  - Sumo now supports multiple problems and subproblems.
  18  - Sumo has new option "precision" which control the number of digits
  19    to present estimates with.
  20
  21 Bugs
  22  - Resumes of scm's with extra_data_files is now possible. Still some
  23    problems with scm's where search_direction=both.
  24  - LSF options was not communicated properly between tools and subtools
  25    so submission of bootstraps, llp, cdd and scm did not work. Fixed.
  26  - Default values for LSF can now be configured in psn.conf.
  27  -
  28
  29 Internal Changes
  30  - Common options need only be specified once. In one of three categories:
  31    model_options, tool_options, script_options.
  32  - models can now be created with "reference" objects. This solved the
  33    scm resume problem.
  34  - Added function to model that cleans extra data code.
  35
  36 Changes from 2.1.7 to 2.1.8
  37
  38 Features
  39  - Rudimentary support for execution on Platform LSF grid systems is now
  40    included. The following extra attributes are available to all tools
  41    for controlling the execution:
  42
  43        run_on_lsf       - Use LSF
  44        lsf_queue        - Use this queue on the grid
  45        lsf_options      - General options for the grid queuing system.
  46        lsf_project_name - Optional. May be used by the grid system
  47                           administrator to register control project
  48                           cpu usage.
  49        lsf_job_name     - Optional. May be used by a grid system
  50                           administrator to control multiple runs on a
  51                           grid system.
  52
  53  - All tools now have a raw_results file holding the diagnotics and
  54    parameter estimates for each NONMEM run.
  55  - All tools now handles model files containing one $PROBLEM and no
  56    SUBPROBLEMS only.
  57  - The Bootstrap and CDD routines now create separate files holding
  58    information about which individuals that were included/excluded
  59    in/from each created data set.
  60  - The Bootstrap results file now has warnings section to better
  61    display which runs that were used for result calculations and which
  62    were not
  63  - PsN now tries to read psn.conf from the users home directory. (Will
  64    require some extra documentation).
  65  - Optimized modelfit thread operation by removing Storable::Store.
  66  - The clean options has four levels of operation.
  67
  68         0 - No cleaning at all.
  69         1 - Clean more, but make sure resumes work (this is default).
  70         2 - Clean more, but make sure summarize work.
  71         3 - Clean everything, keeping only results and logs.
  72
  73  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
  74    had their names changed to make it more clear what their purposes
  75    are:
  76         termination           is now called     minimization_successful
  77         termination_message   is now called     minimization_message
  78         covstep_termination   is now called     covariance_step_successful
  79
  80    these attributes are new:
  81
  82         covariance_step_warnings (boolean; 0 or 1)
  83         estimate_near_boundary (boolean; 0 or 1)
  84
  85    The attribute which was previously called termination could have the
  86    values 0, 0.5 and 1 for 'minimization terminates', 'minimization
  87    successful but warnings or errors were printed from the covariance
  88    step' and finally 'minimization successful'. The new attribute
  89    'minimization_successful' can only take the values 0 and 1 and the
  90    new attribute covariance_step_warnings now takes the value 1 when
  91    covariance step warnings were found. Checks are also perfomed to
  92    test whether the estimates are close to any boundary.
  93  - Html documents is now generated from command line help text.
  94    which ensures that they are consistent and up to date.
  95  - Personal configuration file now available under Unix like OS:s
  96
  97 Bugs
  98  - Options specific to modelfiles were ignored in some Utilties.
  99  - Gradients now output in windows. Just like with nmfe.
 100  - Bootstrap now consumes considerably less memory.
 101  - Removed unused/obsolete "resume" function from modelfit.
 102  - Sorted method entries in modelfit diagram.
 103  - Fixed bugs in parsing of OFV and eigenvalues.
 104
 105 Changes from 2.1.6 to 2.1.7
 106
 107 Bugs
 108  - "clean" and "compress" options now work under Windows.
 109  - SCM now handles crashed runs appropriately.
 110  - The ofv_forward, ofv_backward, p_forward and p_backward options of
 111    scm now works as they should.
 112
 113 Features
 114  - SCM improvements. The final model is now available in the
 115    first-level scm directory of each step.
 116  - The Utilties -help option is improved. You can now give a list of
 117    options to -help for specific documentation of those options, like
 118    so:
 119
 120    $ scm -help do_not_drop
 121
 122  - Minor changes in how the [nm_version] section in psn.conf i
 123    handled. Look in the psn.conf file that is distributed with PsN for
 124    more information.
 125  - SDE modelfiles are now supported. (see the -sde_records option)
 126  - The update_inits method of the model class now accepts an output
 127    file name as input.
 128  - Some attributes and accessors of the PsN-Core class 'output' have
 129    had their names changed to make it more clear what their purposes
 130    are:
 131         finalgrad          is now called     final_gradient
 132         parampath          is now called     parameter_path
 133         gradientpath       is now called     gradient_path
 134         covterm            is now called     covstep_termination
 135  - The Utilties now saves the command line that started it in a file
 136    "command.txt" under the corresponding directory.
 137  - Added a "silent" option to the Utilties that quenches all output.
 138  - "nice" option added to utilties that allows you to set priority in
 139    unix.
 140  - Rudimentary support for NorduGrid reinstated.
 141  - Installer script rewritten. It now supports Perl installations in
 142    nonstandard directories. Discrepancies between *nix and MSWin32 is
 143    smaller.
 144
 145 Internal changes
 146  - The code that is autogenerated with "dia2code" is optimized a
 147    bit and saves a hash "__valid_parameters" in each object, which
 148    allows the constructors to be used as a generic (shallow) copy.
 149
 150 Misc
 151  - continuous spelled correctly throughout SCM.
 152
 153
 154 Changes from 2.1.5 to 2.1.6
 155
 156 Bugs
 157  - Stratify_on bug in bootstrap method fixed.
 158  - Data files in directories different from model file are now
 159    possible.
 160  - Path name handling reimplemented. Relative paths are now handled
 161    better.
 162  - Models that generate table files would make PsN complain about
 163    missing files.
 164  - Its now possible to specify multiple output names as a
 165    comma-separated list to execute.
 166  - The scm can now go backwards.
 167  - Handling of table files now responds to the
 168    "ignore_missing_output_files" flag.
 169  - nmtran error messages was lost in Windows 2K. Execution of nmtran
 170    is more plattform independent now.  It uses a temporary file, but
 171    it is never bigger than the nmtran messages.
 172  - Fixed a bug that limited choice of compiler under unix.
 173  - Typo in scm utility fixed. (included_relations in backwards step).
 174
 175 Features
 176  - Added support for "$NONPARAMETRIC" record in model files.
 177  - A few improved error messages related to parsing of model files.
 178  - The SCM config file now features sections for parameter bounds and
 179    user-defined code
 180
 181 Internal changes
 182  - psn.conf settings are now available as global variables. psn.conf
 183    is only parsed once.