lib/psn.conf

   1 ; This is the PsN configuration file. PsN will look for this file
   2 ; (psn.conf) at two different positions, in PsN installation directory
   3 ; and in either the user's home-directory (UNIX) or the user's desktop
   4 ; (Miscrosoft Windows). If a user-level configuration file is found,
   5 ; the settings in this file will override the settings in the
   6 ; system-wide configuration file. This is important to remember when
   7 ; trying to sort out a PsN-related problem.
   8
   9 ; Available output styles are SPLUS, MATLAB and EXCEL
  10 ; The only differences are:
  11 ;                   SPLUS        MATLAB       EXCEL
  12 ; missning_data      'NA'         'NaN'       ''
  13 ; Header row         yes           no          yes
  14 ;
  15 ; The default output style is EXCEL
  16 output_style = SPLUS
  17
  18 ; Path to R (if installed). This is a new feature in PsN 2.2.2 and
  19 ; enables automatic calculation of conditional weighted residuals
  20 ; (CWRES). This feature requires that Xpose version 4.0 preview
  21 ; release 5 is also installed.
  22 R = /usr/bin/R
  23
  24 ; Path to perl. This default to "C:\Perl\bin\perl.exe" on windows and
  25 ; simply 'perl' on unix.
  26 ; perl = c:\Perl\bin\perl.exe
  27
  28 ; These two lines should not be modified, they are used to disable
  29 ; experimental features of PsN.
  30 use_keyboard=0
  31 use_database=0
  32 ; Further experimental features
  33 ;database_server=localhost
  34 ;default_project=psn
  35 ;default_user=psn
  36
  37 ; Set the job polling interval to a value that is suitable to your
  38 ; system. The general rule is that the larger the distributed system
  39 ; gets, the longer the polling interval needs to be. Slow systems,
  40 ; i.e. small amount of RAM, low bandwidth network or slow filesystem
  41 ; need longer intervals. Single machine systems can use the default
  42 ; polling interval of one second.
  43 job_polling_interval=1
  44
  45 ; If you have an openMosix cluster system with varying number of
  46 ; available nodes, you may want to use the adaptive parallel processes
  47 ; feature of PsN. You will need a service running that keeps track of
  48 ; the available resources and the requested number of parallel
  49 ; jobs. Please contact the PsN development team to get a copy of our
  50 ; service tool called moshog.
  51
  52 ; Requests to the moshog service can be made after each job poll or
  53 ; less often.
  54 polls_per_moshog_request=5
  55
  56 ; The following lines are LSF options.
  57 ;remote_perl=some_path_to_a_perl_binary_working_on_remote_hosts
  58
  59 ; The follwing lines are UD options.
  60 ;ud_nonmem=nonmem.bat
  61
  62 ; The following lines are nordugrid options
  63 ; ng_clusters=some_path_to_a_file_with_cluster_names
  64
  65 ; Zink-options
  66 zink_dir="/home/pontus/"
  67
  68 ; The lines below are examples of how you can specify different
  69 ; installations of NONMEM. By default, PsN will use the NONMEM
  70 ; installation identified by the name 'default'. If only one
  71 ; installation is specified, this will be used by default even if it
  72 ; isn't called 'default'. To use other installations with the
  73 ; PsN-utilities scripts, use the "-nm_version" command line
  74 ; option. The last line is an example of how a windows installation
  75 ; could be configured (notice the use of a backslash(\) instead of a
  76 ; slash(/) )
  77
  78 [nm_versions]
  79 default=/export/home/nmvi1.0,6
  80 6=/export/home/nmvi,6
  81 5=/export/home/nmv,5
  82
  83 ; The compiler section specifies the name and compiler flags of the
  84 ; compiler executable. It is also possible to include a path. Like
  85 ; this:
  86 ; name=c:\fortran\fl32
  87
  88 [compiler]
  89 ; Gnu fortran compiler
  90 name=g77
  91 options=-W -O3
  92
  93 ;[compiler]
  94 ; Intel Fortran compiler
  95 ;name=ifort
  96 ;options=-O
  97
  98 ;[compiler]
  99 ;;MS Fortran Powerstation
 100 ;name=fl32
 101 ;options=/Ox /Op
 102
 103 ;[compiler]
 104 ;;Digitial Visual Fortran 5.0
 105 ;name=df
 106 ;options=/optimize:4 /fltconsistency /fpe:3
 107 ;options=/optimize:1 /fpe:0
 108
 109 [default_options]
 110 ; Options valid for all tools
 111 threads=5
 112
 113 [default_execute_options]
 114 ; Options valid for execute
 115
 116 ; All correlations above this number will be listed
 117 correlation_limit=0.9
 118
 119 ; An error will be rised if the condition number is greater than this
 120 ; number.
 121
 122 condition_number_limit = 1000
 123
 124 ; If a parameter estimate is equal to a bound with this many
 125 ; significant digits, a warning will be printed.
 126
 127 near_bound_sign_digits = 2
 128
 129 ; When the bound is zero, the check above is not valid. Use this limit
 130 ; instead.
 131
 132 near_zero_boundary_limit = 0.001
 133
 134 ; The off-diagonal elements are checked against +-1 with this many
 135 ; significant digits.
 136
 137 sign_digits_off_diagonals = 2
 138
 139 ; Coefficients of variation larger than these numbers will produce
 140 ; warnings.
 141
 142 large_theta_cv_limit = 0.30
 143 large_omega_cv_limit = 0.50
 144 large_sigma_cv_limit = 0.30
 145
 146 ; Confidence level for confidence intervals (percentage value)
 147
 148 confidence_level = 95
 149
 150 ; Precision in -summarize output.
 151
 152 precision = 4
 153
 154 [default_llp_options]
 155 ; Options valid for llp
 156
 157 ; Check if the confidence intervals include this value
 158 within_interval_check = 0
 159
 160 ; Check if the CI limit distance ratio is above this value or below its reciprocal value
 161 theta_interval_ratio_check = 1.3
 162 omega_interval_ratio_check = 1.6
 163 sigma_interval_ratio_check = 1.6
 164
 165 [default_cdd_options]
 166 ; Options valid for cdd
 167
 168 ; Mark the cook-scores and covariance-ratios that lie outside this number of standard deviations
 169 outside_n_sd_check = 2
 170
 171 [default_bootstrap_options]
 172 ; Options valid for the bootstrap
 173
 174 ; Use these rules for calculating the bootstrap results
 175 skip_minimization_terminated = 1
 176 skip_covariance_step_terminated = 0
 177 skip_with_covstep_warnings = 0
 178 skip_estimate_near_boundary = 1
 179
 180 ; Warn if the ratio of successful minimizations/total runs is lower than this value
 181 minimization_successful_limit = 0.8
 182
 183 ; Warn if the ratio of successful covariance steps/total runs is lower than this value
 184 covariance_step_successful_limit = 0.8
 185
 186 ; Warn if the ratio of runs with covariance step warnings/total runs is higher than this value
 187 covariance_step_warnings_limit = 0.2
 188
 189 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 190 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 191
 192 ; Warn if the ratio of runs with near boundary warnings/total runs is higher than this value
 193 estimate_near_boundary_limit = 0.2
 194
 195 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap standerd errors (%)
 196 se_confidence_intervals_level = 5
 197
 198 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap percentiles (%)
 199 percentile_confidence_intervals_level = 5
 200
 201 ; Use this level of confidence for the confidence intervals checks based on bootstrap BCa percentiles (%)
 202 bca_confidence_intervals_level = 5
 203
 204 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap standerd errors include this value
 205 se_confidence_intervals_check = 0
 206
 207 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap percentiles include this value
 208 percentile_confidence_intervals_check = 0
 209
 210 ; Check if the confidence intervals based on bootstrap BCa percentiles include this value
 211 bca_confidence_intervals_check = 0
 212
 213 ; Warn if the absolute relative bias is larger than this value
 214 large_bias_limit = 0.05
 215
 216
 217